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Dissertação

Sequence-based determinants of mRNA halflife in human cells EVALUATED

Detalhes: Nos seres humanos, o DNA codifica um programa escrito numa língua de 4 caracteres que define o comportamento e a função de cada célula no organismo. Porções deste código, denominadas genes, contêm instrucões para a producão de proteínas, cuja regulação da quantidade é de suma importância para o funcionamento correto da célula. O código utilizado para a produção de proteínas é copiado a partir do local onde está armazenado e subsequentemente transportado pela molécula mRNA (RNA mensageiro) para o local onde é usado como modelo para as fabricar. O código transportado pelo mRNA determina parcialmente o intervalo de tempo em que este está ativo, medido pelo tempo de semi-vida, que influencia a quantidade de proteínas produzidas a partir dele. Nesta tese, o tempo de semi-vida do mRNA e as suas variações entre células humanas são modelados através da tarefa preditiva que consiste em determiná-los a partir da sua sequência. A análise dos modelos resultantes permitiu descobrir uma relação previamente desconhecida entre a capacidade de produção energética de uma célula e o tempo de semi-vida do mRNA através dos seus codões e possivelmente da sua tradução. O desenvolvimento de redes neuronais convolucionais e subsequente interpretação pelas ferramentas DeepLIFT e TF-MoDISco, permitiu revelar novos elementos da sequência que potencialmente regulam o tempo de semi-vida do mRNA. Em suma, os modelos desenvolvidos podem ser utilizados noutros domínios como modelação da expressão de genes. Além disso, os processos biológicos descobertos contribuem para o conhecimento da biologia celular e podem ser explorados para fins clínicos.
Keywords: Tempo de semivida do mRNA, CNN, interpretação de modelos preditivos, sequências regulatórias, variações do tempo de semivida do mRNA, tecidos humanos

Discussão: janeiro 12, 2021, 14:0