Dissertação

Sequence-based determinants of mRNA halflife in human cells EVALUATED

Nos seres humanos, o DNA codifica um programa escrito numa língua de 4 caracteres que define o comportamento e a função de cada célula no organismo. Porções deste código, denominadas genes, contêm instrucões para a producão de proteínas, cuja regulação da quantidade é de suma importância para o funcionamento correto da célula. O código utilizado para a produção de proteínas é copiado a partir do local onde está armazenado e subsequentemente transportado pela molécula mRNA (RNA mensageiro) para o local onde é usado como modelo para as fabricar. O código transportado pelo mRNA determina parcialmente o intervalo de tempo em que este está ativo, medido pelo tempo de semi-vida, que influencia a quantidade de proteínas produzidas a partir dele. Nesta tese, o tempo de semi-vida do mRNA e as suas variações entre células humanas são modelados através da tarefa preditiva que consiste em determiná-los a partir da sua sequência. A análise dos modelos resultantes permitiu descobrir uma relação previamente desconhecida entre a capacidade de produção energética de uma célula e o tempo de semi-vida do mRNA através dos seus codões e possivelmente da sua tradução. O desenvolvimento de redes neuronais convolucionais e subsequente interpretação pelas ferramentas DeepLIFT e TF-MoDISco, permitiu revelar novos elementos da sequência que potencialmente regulam o tempo de semi-vida do mRNA. Em suma, os modelos desenvolvidos podem ser utilizados noutros domínios como modelação da expressão de genes. Além disso, os processos biológicos descobertos contribuem para o conhecimento da biologia celular e podem ser explorados para fins clínicos.
Tempo de semivida do mRNA, CNN, interpretação de modelos preditivos, sequências regulatórias, variações do tempo de semivida do mRNA, tecidos humanos

Janeiro 12, 2021, 14:0

Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente

Orientação

ORIENTADOR

Prof. Dr. Julien Gagneur

Technical University of Munich

Professor Catedratico

ORIENTADOR

Maria Margarida Campos da Silveira

Departamento de Engenharia Electrotécnica e de Computadores (DEEC)

Professor Auxiliar