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A energia originada pelas reacções nucleares que acontecem no centro do Sol e o campo magnético solar dão origem a um plasma nas regiões em torno do Sol - a magnetosfera - e que se estende para o espaço interplanetário - o vento solar. Na magnetosfera e vento solares acontecem fenómenos muito variados e complexos, alguns dos quais ainda mal compreendidos. Por exemplo, ainda não se conhece em detalhe o mecanismo físico que faz com que a parte exterior da magnetosfera solar - a corona - tenha uma temperatura muito mais elevada que as suas regiões mais interiores. A actividade solar, que origina o vento solar, varia ciclicamente e tem consequências importantes no ambiente espacial. Nos máximos da actividade solar, quando ocorrem mais erupções solares, existe mais matéria e energia emitidas para as regiões interplanetárias que podem provocar interrupções nas comunicações das sondas espaciais e satélites ou mesmo danifica-los. Este fenómeno também se faz sentir na superfície da Terra, originando as auroras e chegando a afectar o funcionamento de centrais eléctricas.

O CCTAE está envolvida no estudo da atmosfera e vento solares no contexto da magneto-hidrodinâmica, teoria que trata o plasma como um fluido. O trabalho que tem sido realizado incide nomeadamente no estudo da propagação das denominadas ondas magneto-hidrodinâmicas, que são originadas nos plasmas pelas interacções entre o fluido e o campo magnético.