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Updates
2 maio 2020, 13:31 • Rodrigo Costa
Queridos alunos,
1. O estudo sobre o qual o Gianmaria Califano esteve a falar na última aula: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2020.00052/full
Estou à espera das apresentações actualizadas do Gianmaria para fazer um upload das mesmas à página da disciplina.
Em Portugal há empresas que fazem o cultivo das Macroalgas em rotação com o de peixes (principalmente robalo e dourada), no sistema Integrated Multitrophic Aquaculture (IMTA) sobre o qual o Gianmaria esteve a falar.
Actualmente boa parte da dourada que se consome é oriunda dos sistemas de aquacultura. E se compraram alguma no continente, p.ex. a chance é grande de terem vindo daqui: http://www.aqualvor.pt/
O site da Algaplus, onde o Gianmaria esteve a recolher as Macroalgas para o seu estudo: https://www.algaplus.pt/
Estas são duas empresas portuguesas que usam do IMTA para co-cultivar algas e peixes, com diferentes objectivos. Mas o papel das algas é sempre o de processar os rejeitos metabólicos dos peixes e retornar água limpa para o sistema / ambiente.
2. Como estão lembrados, fizemos uma pequena troca no programa das aulas teóricas, em que no dia 21/04 falámos sobre os microbiomas dos corais. Na próxima terça-feira falaremos sobre a rizosfera e interacções planta-microorganismo. Vale a pena consultar a literatura disponível na página da UC :)
3. Também venho anunciar uma pequena troca no programa das aulas TP: vamos voltar a falar da plataforma de análise IMG/M na próxima quarta (originalmente programada para 13/05), e passar a exposição sobre metadados, (originalmente programada para o 06/05) para o dia 13/05. O resto mantém-se igual. Vamos falar um pouco mais sobre classificação taxonómica através da sequenciação do 16S. Explorar algumas bases de dados on-line que são utilizadas por pipelines analíticas como QIIME II e Mothur.
Na página da UC, um ficheiro com (1) instrução básica sobre como preparar os vossos dados para que façam análises no STAMP (mas o tutorial do software explica muito melhor :) ), e (2) exercícios básicos de exploração da plataforma IMG/M. Embora não possamos fazer análises dos nossos próprios dados aqui, o IMG/M é a base de dados e plataforma de ana´lise em genómica e metagenómica mais abrangente que há, no momento. É muito giro trabalhar aqui e pedia que treinassem com os exercícios propostos até à aula, se possível.
4. Recebi ficheiros cog do grupo 2 (Gabriela Ricardo & Co) e do grupo 3 (Mariana Ramos & Co). Entro em contacto quando tiver novidades.
5. Recebi todos os glossários e relatórios relativos ao exercício 1. Obrigado!
6. O resultado do nosso primeiro Kahoot está na página da UC, FYI. Foi fácil demais! :)
Bom fds. Rodrigo
Plano de aulas - update
21 abril 2020, 05:59 • Rodrigo Costa
Caros alunos,
Hoje a nossa aula teórica será sobre o microbioma dos corais, e será proferida pela Dr. Tina Keller. Ela fará a apresentação em Inglês, mas fala e percebe muito bem o Português e, portanto, podem estar à vontade para fazer perguntas em Português ou Inglês.
Esta é uma pequena troca em nosso plano de aulas, em que teoricamente falaríamos, hoje, sobre a rizosfera enquanto microbioma modelo. A aula sobre a rizosfera fica para daqui a duas semanas, da seguinte forma:
- 21/04 – o microbioma dos corais e as alterações climáticas (pdf disponível na página da UC)
- 28/04 – o microbioma das macroalgas e a aquacultura multitrófica integrada (como no plano original)
- 05/05 - o microbioma da rizosfera e seu impacto na agricultura
As aulas teórico-práticas estão a entrar nos trilhos, de acordo com o plano original.
Nesta quarta faço (1) uma pequena introdução à plataforma IMG/M: https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi
E faremos (2) algumas análises multivariadas com o software STAMP.
Poderão fazer o download do software aqui: https://github.com/dparks1134/STAMP/releases
Fazer o download da última versão: STAMP v2.1.3
Baixar o ficheiro: STAMP_2_1_3.exe
Veremos algumas funções práticas deste software, que poderão ser utilizadas na análise das vossas “bins”.
Por fim (3), poderemos fazer um pequeno ponto da situação sobre a anotação das vossas bins via RAST/WebMGA.
A aula teórico/prática da próxima quarta (28/04) será proferida pelo Gianmaria Califano, que vos apresentará um estudo de caso sobre análise da diversidade do microbioma de macroalgas por “amplicon sequencing” do 16S rRNA.
Até breve,
Rodrigo
Breves instruções para a aula de hoje
15 abril 2020, 11:41 • Rodrigo Costa
Caros alunos,
Peço para que hoje comecemos a aula excepcionalmente às 14:30h. São mais uma vez reuniões que provavelmente me impedirão de estar presente pontualmente às 14h. Mas o meeting estará aberto na mesma às 14h.
Notas importantes para hoje:
Hoje começaremos a tratar da anotação das nossas “bins”. Vamos perceber, minimamente, como funcionam duas plataformas:
RAST – https://rast.nmpdr.org/
WebMGA – http://weizhongli-lab.org/webMGA/
O nosso objectivo final é realizar anotações com as bases de dados COG e Pfams com o servidor WebMGA (semana que vem, ou durante a semana como exercício). Para tal, costumamos fazer uma anotação com o RAST primeiro, e daí retiramos as sequências de aminoácidos dos genomas, que serão utilizadas como “input” de dados para o WebMGA.
Vamos fazer um passeio pelo RAST…
Para que trabalhem com o RAST, é preciso fazer registo (log in) na webpage acima. Seria bom que tivessem o login já pronto para a aula de hoje. Caso não tenham, não é um “big deal”.
Para o WebMGA não é preciso login.
Outline:
Cada grupo faz um breve overviw das "bins" de boa qualidade que conseguiram obter;
dúvidas sobre o processo de binning e potenciais "bugs"
Upload de genomas na plataforma RAST
Navegação na plataforma RAST
Anotação de COGs e Pfams com a plataforma WebMGA
Até breve,
Rodrigo
Documentação KBase
24 março 2020, 19:34 • Rodrigo Costa
Podem p.ex. consultar o "Data Upload and Download Guide": http://kbase.us/data-upload-download-guide/Ou ver mais especificamente como importar FastQ files: http://kbase.us/data-upload-download-guide/short-reads/
Há na documentação uma overview interessantes sobre as diferentes Apps disponíveis: http://kbase.us/apps/
Para os nossos projectos, precisamos de 1) Importar nossos metagenomas como "Paired End libraries";2) "Assemblar" os metagenomas com a App "MetaSpades". 3) Criar genomas a partir dos metagenomas assemblados com a App "Metabat2": https://kbase.us/applist/apps/metabat/run_metabat/release
Aviso importante sobre avaliação
20 março 2020, 17:54 • Rodrigo Costa
Olá a todos,
Para possibilitar o vosso estudo contínuo em época de distanciamento, resolvi reestruturar a componente da avaliação referente à "presença e participação" (20%) em dois exercícios a entregar em datas definidas (ver abaixo), mais a participação em dois "quizzes" a cobrir a parte teórica da UC, da seguinte forma:
1. Trabalho em grupo: entrega de relatório sucinto sobre o trabalho em grupo a respeito da composição taxonómica de comunidades procariotas em esponjas marinhas - Entrega a 17/04/2020
2. Glossário - Elaboração de um glossário com 40 termos regularmente utilizados nas áreas da metagenómica e microbiomas. Trabalho individual - Entrega a 24/04/2020
3. Participação em quiz sobre técnicas utilizadas no estudo dos microbiomas. Data: 22/04/2020
4. Participação em quiz sobre os "microbiomas -modelo" abordados na UC. Data: 27/05/2020
- O enunciado do trabalho em grupo foi actualizado para que as questões a responder fiquem mais claras, e encontra-se na página da disciplina.
5. A apresentação oral marcada para o dia 09/06/2020 mantém-se caso sejam permitidas aulas presenciais a esta altura (espero eu que sim, but who knows...). Do contrário, abandonamos a apresentação oral e o restante da avaliação consistirá da nota atribuída ao vosso relatório (a entregar a 16/06/2020).
Muito obrigado e bom fim de semana.