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2 Maio 2020, 13:31 Rodrigo Costa

Queridos alunos,
1. O estudo sobre o qual o Gianmaria Califano esteve a falar na última aula: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2020.00052/full  

Estou à espera das apresentações actualizadas do Gianmaria para fazer um upload das mesmas à página da disciplina.

Em Portugal há empresas que fazem o cultivo das Macroalgas em rotação com o de peixes (principalmente robalo e dourada), no sistema Integrated Multitrophic Aquaculture (IMTA) sobre o qual o Gianmaria esteve a falar. 

Actualmente boa parte da  dourada que se consome é oriunda dos sistemas de aquacultura. E se compraram alguma no continente, p.ex. a chance é grande de terem vindo daqui: http://www.aqualvor.pt/

O site da Algaplus, onde o Gianmaria esteve a recolher as Macroalgas para o seu estudo: https://www.algaplus.pt/

Estas são duas empresas portuguesas que usam do IMTA para co-cultivar algas e peixes, com diferentes objectivos. Mas o papel das algas é sempre o de processar os rejeitos metabólicos dos peixes e retornar água limpa para o sistema / ambiente. 

2. Como estão lembrados, fizemos uma pequena troca no programa das aulas teóricas, em que no dia 21/04 falámos sobre os microbiomas dos corais. Na próxima terça-feira falaremos sobre a rizosfera e interacções planta-microorganismo. Vale a pena consultar a literatura disponível na página da UC :) 

3. Também venho anunciar uma pequena troca no programa das aulas TP: vamos voltar a falar da plataforma de análise IMG/M na próxima quarta (originalmente programada para 13/05), e passar a exposição sobre metadados, (originalmente programada para o 06/05) para o dia 13/05. O resto mantém-se igual. Vamos falar um pouco mais sobre classificação taxonómica através da sequenciação do 16S. Explorar algumas bases de dados on-line que são utilizadas por pipelines analíticas como QIIME II e Mothur. 

Na página da UC, um ficheiro com (1) instrução básica sobre como preparar os vossos dados para que façam análises no STAMP (mas o tutorial do software explica muito melhor :) ), e (2) exercícios básicos de exploração da plataforma IMG/M. Embora não possamos fazer análises dos nossos próprios dados aqui, o IMG/M é a base de dados e plataforma de ana´lise em genómica e metagenómica mais abrangente que há, no momento. É muito giro trabalhar aqui e pedia que treinassem com os exercícios propostos até à aula, se possível. 

4. Recebi ficheiros cog do grupo 2 (Gabriela Ricardo & Co) e do grupo 3 (Mariana Ramos & Co). Entro em contacto quando tiver  novidades. 

5. Recebi todos os glossários e relatórios relativos ao exercício 1. Obrigado!

6. O resultado do nosso primeiro Kahoot está na página da UC, FYI. Foi fácil demais! :) 

Bom fds. Rodrigo


Plano de aulas - update

21 Abril 2020, 05:59


Breves instruções para a aula de hoje

15 Abril 2020, 11:41


Documentação KBase

24 Março 2020, 19:34


Aviso importante sobre avaliação

20 Março 2020, 17:54

Corpo Docente

Rodrigo Costa

Responsável

rodrigoscosta@tecnico.ulisboa.pt