Dissertação

Analyses of alternative splicing landscapes in clear cell renal cell carcinomas reveal putative novel prognosis factors EVALUATED

O desenvolvimento recente de ferramentas de sequenciação de nova geração (NGS) facilitou significativamente o estudo de transcriptomas. Com recurso à sequenciação de RNA (RNA-seq, o uso de NGS para sequenciar inversamente transcritos de DNA complementar a partir de RNAs) é possível não só quantificar os níveis de expressão génica com uma elevada resolução, mas também revelar e quantificar transcritos e isoformas previamente desconhecidos. Ainda assim, a utilização de RNA-seq na deteção de padrões transcriptómicos associados ao cancro tem sido muito limitada. Neste trabalho, analisou-se expressão génica, splicing alternativo e sobrevivência utilizando dados de RNA-seq (do projecto The Cancer Genome Atlas) de carcinomas renais de células claras pertencentes a 138 pacientes e de tecidos normais emparelhados pertencentes a 62 pacientes, com o intuito de identificar padrões de splicing alternativo específicos de tecido tumoral e eventos de splicing alternativo que sejam potenciais factores de prognóstico. Adicionalmente, utilizando métodos de redução dimensional e de regressão, tentou-se conceber um classificador que permitisse a classificar o estádio do cancro analisado tendo por base dados de splicing alternativo. Observou-se que os padrões de splicing alternativo, tal como a expressão génica, estabelecem a distinção entre tecidos tumorais e normais. Observou-se que vários eventos de splicing alternativo parecem estar associados a sobrevivência, constituindo potenciais novos fatores de prognóstico. Finalmente, o classificador concebido revelou-se ineficaz na classificação de estádios tumorais. Estes resultados sugerem que existe um enorme potencial na utilização de padrões de splicing alternativo em cancro na compreensão da etiologia da progressão tumoral e como ferramenta clínica.
RNA-seq, sobrevivência, splicing; cancro

Outubro 31, 2014, 15:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

CO-ORIENTADOR

Nuno Luís Barbosa Morais

Instituto de Medicina Molecular, Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa, Av. Prof. Egas Moniz, 1649-028 Lisboa, Portugal

Doutor

ORIENTADOR

Susana de Almeida Mendes Vinga Martins

Departamento de Engenharia Mecânica (DEM)

Prof Auxiliar Convidado