Dissertação
Identification of novel Pseudomonas aeruginosa small non-coding RNAs and their involvement in biofilm and antibiotic resistance mechanisms EVALUATED
O patogeno oportunista Pseudomonas aeruginosa é capaz de infetar doentes imuno-suprimidos, especialmente pessoas com fibrose cística. Quando não tratadas, as infeções resultam em falhas nos pulmões e, consequentemente, na morte dos pacientes. O problema das infeções com esta bactéria é que são bastante difíceis de tratar dada a sua elevada resistência a inúmeras classes de antibióticos. Enquanto a suscetibilidade a antibióticos cai para níveis alarmantes, novos métodos estão a ser estudados para resolver este problema. Estes incluem terapias baseadas em pequenos RNAs (sRNAs), visto que estes têm um papel importante na expressão génica e já demonstraram afetar a resistência a antibióticos nesta bactéria. Todavia, há pouca informação acerca dos sRNAs de P. aeruginosa. Nesta tese, foram utilizados dados públicos de RNA-seq de culturas livres e de biofilmes de P. aeruginosa PAO1 crescidas em cateteres com exposição a clindamicina e rifampicina. Usando duas ferramentas bioinformáticas (Artemis e sRNA-Detect), foi possível identificar regiões de sRNAs putativos com elevados níveis de expressão. Apenas regiões identificadas por ambos os programas foram consideradas válidas e, no total, 1083 novos sRNAs foram previstos em pelo menos uma condição. Dez dos sRNAs mais expressos em cultura livre crescida sem antibiótico foram selecionados para validação experimental através de Northern blot, com cinco sRNAs a serem observados. Estudos do crescimento de culturas livres e de biofilmes de P. aeruginosa foram também realizados, utilizando quatro das mais usadas classes de antibiótico para combater as infeções desta bactéria.
julho 21, 2021, 9:0
Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente
Orientação
