Dissertação

{en_GB=TERRA transcription profiles in human cancer cells} {} CONFIRMED

{pt=TERRA é um RNA longo não codificante transcrito a partir de telómeros eucariotas, um desencadeador importante do mecanismo Alternative Lengthening of Telomeres (ALT) independente de telomerase, utilizado por 15% dos cancros humanos para contrariar o encurtamento telomérico que ocorre com múltiplas divisões celulares. Várias linhas celulares ALT contêm níveis elevados de TERRA. Contudo, o conhecimento do perfil de transcrição de TERRA continua a ser limitado, tanto em relação aos níveis de transcrição de TERRA em diferentes linhas celulares, como às extremidades cromossómicas a partir das quais TERRA se origina. Através de sequenciação de TERRA em células ALT e telomerase-positivas, o laboratório Azzalin verificou que os níveis de TERRA transcrito pelas extremidades cromossómicas 7q e 12q aparentam estar especialmente elevados em células ALT, e levantou a hipótese que a quantificação de TERRA nestas extremidades poderia constituir uma ferramenta diagnóstica de cancros ALT. Os dados da sequenciação de TERRA foram validados através de RT-qPCR. Foi demonstrado que os níveis de TERRA são elevados em várias extremidades, particularmente 7q, 12q, 16p e 5p. TERRA destas extremidades foi quantificado em 10 a 20 moléculas por célula, um aumento médio de 5 a 10 vezes em relação a células telomerase-positivas. Consideramos que este aumento não é suficiente para estabelecer um limiar de TERRA 7q e 12q para discriminar células ALT. As extremidades 7q e 12q não contêm o promotor de TERRA rico em nucleótidos CpG previamente caracterizado. Logo, a segunda parte deste projeto consistiu em identificar, isolar e caracterizar um novo promotor putativo nestas extremidades., en=TERRA is a long noncoding RNA transcribed from eukaryotic telomeres, a major player in the telomerase-independent Alternative Lengthening of Telomeres (ALT) pathway, utilized by 15% of human cancer cells to counteract the telomere shortening that occurs with multiple rounds of cell division. Several ALT cells lines contain elevated levels of TERRA. However, the TERRA transcription profile is still poorly understood, regarding both the levels of TERRA transcription occurring in different cell lines, and the chromosome ends from which TERRA predominantly originates. By long-read sequencing of TERRA, the Azzalin lab found that TERRA levels from chromosome ends 7q and 12q seem to be especially elevated in ALT cells, and hypothesized that quantification of TERRA from these ends could serve as an ALT cancer diagnosis tool. TERRA long-read sequencing data was validated by RT-qPCR in a panel of ALT and telomerase-positive cells. TERRA was found to be elevated in U2OS ALT cells at several chromosome ends, particularly 7q, 12q, 16p and 5p. TERRA from these ends was quantified at between 10 and 20 molecules per cell, an average 5-to-10-fold increase compared to telomerase-positive cells. It is proposed that this increase is not sufficient for establishment of a reliable 7q and 12q TERRA diagnosis threshold to discriminate ALT cells. The 7q and 12q ends do not contain the previously characterized CpG dinucleotide-rich TERRA promoter sequences. As such, the second part of this project consisted in the identification, isolation and characterization of a putative new TERRA promoter sequence at these chromosome ends. }
{pt=TERRA, transcrição telomérica, Alternative Lengthening of Telomeres, RT-qPCR, en=TERRA, telomere transcription, Alternative Lengthening of Telomeres, RT-qPCR}

Janeiro 18, 2021, 10:0

Orientação

ORIENTADOR

Claus Maria Azzalin

Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes

Doutor

ORIENTADOR

Cláudia Alexandra Martins Lobato da Silva

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Associado