Dissertação

RDF Repository for Biological Experiments EVALUATED

Os investigadores da área das Ciências da Vida reconhecem que a partilha e reutilização da informação interligando todos os dados sobre uma entidade de interesse, juntando tudo num único bloco de conhecimento, é importante para dar uma visão completa da atividade biológica. Concomitantemente, a Web está a evoluir de um conjunto de documentos HTML estáticos para uma Web Semântica de dados interligados, permitindo que soluções como o Linked Data contribuiam fortemente para a sua evolução. Deste modo, este trabalho aplicou os princípios da Web Semântica para criar uma infraestrutura única para gerir, ligar e promover a reutilização dos dados produzidos pelas experiências biológicas. Baseou-se no conceito de um repositório de dados que suporta múltiplas ontologias para estruturar esses dados. Para provar o conceito deste repositório, o IICT em conjunto com o ITQB-UNL / IBET forneceu dados experimentais sobre a planta Coffea arabica para apoiar a investigação no sentido de identificar potenciais biomarcadores candidatos à resistência ao fungo Hemileia vastatrix (agente causador da ferrugem do cafeeiro). Como caso de teste, foram utilizados uma parte dos dados obtidos dos ensaios à ferrugem na planta do café que compreende a modulação do proteoma do fluído apoplástico da folha do café, em condições de estufa, usando electroforese 2D (2DE). Adicionalmente, a ontologia responsável por estruturar esses dados foi a Plant Experimental Assays Ontology desenvolvida pelo grupo KDBIO. A nível tecnológico, o repositório foi desenvolvido usando a framework Jena para importar e transformar os dados em RDF, interligando-os internamente e com outros repositórios.
Ontologia, Ciências da Vida, Repositório de Dados, Experiências Biológicas, Linked Data

Novembro 6, 2014, 13:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

ORIENTADOR

José Luís Brinquete Borbinha

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Associado