João Costa Pessoa foi Coordenador do Centro de Química Estrutural do Instituto Superior Técnico, Universidade de Lisboa, desde Janeiro de 2009 até Janeiro de 2015. É membro da Comissão Executiva do Centro de Química Estrutural desde Janeiro de 2008.

Foi Vice-Presidente do Conselho Científico do Instituto Superior Técnico (2.2 anos), Coordenador da Secção de Química Analítica (3 anos) e membro da Comissão Executiva do Departamento de Engenharia Química e Biológica (4 anos). Desde Janeiro de 2013 é membro do Conselho Científico do IST, no seu novo formato.

Desde que é docente do Instituto Superior Técnico tem leccionado uma grande variedade de disciplinas de licenciatura e de mestrado. Nomeadamente foi responsável pelas disciplinas de Química Analítica II (antigo curriculum), Análise Química I (antigo curriculum), Laboratórios de Química III (antigo curriculum), Química II (novo curriculum), Métodos Instrumentais de Análise I (antigo curriculum), Laboratórios de Química I (novo curriculum) e Química II (novo curriculum).