Alinhamento de sequências

6 março 2008, 09:30 • Ana Teresa Correia de Freitas

Alinhamento simples de sequências de DNA e proteinas. Funções de mérito. Matrizes PAM e BLOSUM.

Algoritmos de alinhamento simples, global e local.

Exploração de bases de dados biológicas

5 março 2008, 12:30 • Leonilde Morais Moreira

Utilizaram-se duas bases de dados biológicas (www.ncbi.nlm.nih.gov e www.expasy.ch) para a prendizagem e utilização de ferramentas várias que permitem o estudo de sequências de nucleótidos e aminoácidos. Entre outras demonstrou-se a pesquisa de grelhas de leitura aberta numa determinada sequência, pesquisa de homologia (blastn, blastx, blastp), e a previsão da localização celular, topologia e estrutura secundária de proteínas.

Exploração de bases de dados biológicas

3 março 2008, 12:30 • Leonilde Morais Moreira

Utilizaram-se duas bases de dados biológicas (www.ncbi.nlm.nih.gov e www.expasy.ch) para a prendizagem e utilização de ferramentas várias que permitem o estudo de sequências de nucleótidos e aminoácidos. Entre outras demonstrou-se a pesquisa de grelhas de leitura aberta numa determinada sequência, pesquisa de homologia (blastn, blastx, blastp), e a previsão da localização celular, topologia e estrutura secundária de proteínas.

Estratégias para a sequenciação de genomas

28 fevereiro 2008, 09:30 • Leonilde Morais Moreira

Foram descritas as duas técnicas de sequenciação mais utilizadas (sequenciação cíclica baseada no método de Sanger e a pirosequenciação), bem como comparar a quantidade de informação que podem gerar. Explicaram-se as duas principais estratégias para sequenciar genomas completos, sendo elas o shotgun clone a clone e o shotgun do genoma total. Foram discutidas as vantagens e limitações de cada uma delas. Por fim descreveu-se os passos posteriores à sequenciação e que são a ordenação das sequências, pesquisa de genes e sua anotação.

Apresentação

26 fevereiro 2008, 09:00 • Isabel Sá-Correia

Foram apresentados os objectivos da disciplina e a regras de funcionamento. Foram apresentados is 13 diferentes mini-projectos a realizar em grupo (de 3-4) pelos alunos.