Miguel Rodrigues foca-se no desenvolvimento de tecnologia farmacêutica para melhorar a estabilidade e administração de substâncias activas: aplicada a moléculas de síntese química, ditas "small-molecule", utilizando CO2 supercrítico para controlar a sua forma cristalina e taxa de dissolução de microcompósitos; e aplicada a proteínas recombinantes, ditas "large-molecules" através da interpretação da termodinâmica e cinética associada às suas reacções e transporte abaixo da temperatura de congelamento. Estas actividades de investigação têm sido desenvolvidas no âmbito de vários projectos financiados, quer por agencias governamentais quer por empresas farmacêuticas. 

Evidenciam-se dois campos de aplicação emergentes como as suas contribuições mais significativas nomeadamente:
A demonstração do potencial do  CO2 para a produção de cocristais farmacêuticos, quer como meio da recristalização (sem solventes orgânicos) quer como promotor de cocristalização e dispersão em micro-compósitos num único passo de processo (por atomização com CO2 ). 
Também tem demonstrado e modelado os mecanismos que governam  a agregação das proteínas abaixo da temperatura de congelamento e no interior da estrutura do gelo, o que tem permitido desenvolver métodos e sistemas para criopreservação (e crioprocessamento) mais racionais e com muitas aplicações na industria bio-farmaceutica e na biologia celular.

Comunicações de Ciência (blogues)
Engineering the Pharmaceutical Solid State
Cryoprocessing of Biological Products