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Saída de campo 05/05/2020

3 Maio 2021, 23:54 Rodrigo Costa

Olá!
Lembro-vos da nossa atividade de campo da próxima quarta-feira, dia 05/05/2021, que prende-se com a recolha de amostras ambientais (areia, rizosfera de planta halófita, água do mar) para posterior extração de DNA metagenómico (12/05/2021). 


Idealmente, encontramo-nos na Praia do Castelo (Costa da Caparica) às 14h. Eu e a Tina sairemos do Técnico em um carro às 13:30h, e podemos levar, no máximo, mais duas pessoas.  

Amanhã podemos falar mais um pouco sobre o assunto, um pouco antes do fim da aula. 

Abraços, Rodrigo


Tomorrow's lecture on the annotation of secondary metabolite gene clusters

3 Maio 2021, 23:43 Rodrigo Costa

Olá a todos, 


Lembro que amanhã exercitaremos a anotação de clusters de genes envolvidos na biossíntese de metabolitos secundários ("secondary metabolite biosynthetic gene clusters" - SM-BGCs). 


Reservem alguns ficheiros .fasta com a assemblagem (MetaSpades) dos vossos metagenomas, para que possam praticar algumas coisas em tempo real jcom os vossos dados. 


De certeza visitaremos este website: https://antismash.secondarymetabolites.org/#!/start


Consultem "antismash" e "BIG-SCAPE" na web para se familiarizarem com as ferramentas que utilizaremos na execução dos nossos projetos. Encontrarão os papers que descrevem estas ferramentas na nossa literatura. 


Obrigado e até amanhã :) 
Rodrigo


Zoom link for our class on April, 27th at 15.00

23 Abril 2021, 14:48 Tina Keller-Costa

Dear Students,
Please find below the zoom link to our 2nd class next Tuesday.
Best regards and see you soon,
Tina

Topic: "Metadata and Sequence Data Submission to Public Databases"
Time: Apr 27, 2021 03:00 PM Lisbon

Join from PC, Mac, Linux, iOS or Android: https://videoconf-colibri.zoom.us/j/89626690639?pwd=ZHEwSlJHVkcxbDQvS3k3TXBaS2haUT09
Password: 953806
Meeting ID: 896 2669 0639


Coral Microbiome Class

16 Abril 2021, 22:16 Tina Keller-Costa

Dear students,
Please find below the zoom link to our "Coral Microbiome" class on Tuesday, the 20th of April at 15.00.
See you soon!
Tina Keller-Costa

Topic: "Coral Microbiome" Seminar
Time: Apr 20, 2021 03:00 PM Lisbon

Join from PC, Mac, Linux, iOS or Android:
https://videoconf-colibri.zoom.us/j/85403255137?pwd=K0J3NmlIYVcybkdaYzl3QjR0M2ZVQT09
Password: 468654
Meeting ID: 854 0325 5137


Atualização do plano de aulas

16 Abril 2021, 17:30 Rodrigo Costa

Prezados alunos, 
Pedia a vossa melhor atenção ao ficheiro "Plano de aulas microbiomas 2021 update", disponível em "About this Course Unit". 
Este novo plano contém ajustes finos que fizemos ao nosso calendário, a partir da Páscoa. 


Nas próximas duas semanas, as aulas teóricas serão proferidas pela Prof. Tina Keller (estarei ausente porque estarei a dar aula em outra UC). As aulas práticas / teórico-práticas serão conduzidas pela mestre Sandra Silva (estarei presente). 

Durante as duas primeiras semanas de Maio, caso tudo corra como o esperado (desconfinados), as nossas aulas práticas consistirão de uma saída de campo (05/05) e de uma aula laboratorial sobre extração de DNA metagenómico (12/05). 

Conversaremos melhor sobre a nossa organização em aula. 

Obrigado e bom fim de semana!

Rodrigo