TP2_TP3

Para poderem analisar o gel dos produtos de PCR precisam do perfil de separação dos fragmentos padrão "NZYDNA ladder III" que acabei de adicionar à lista de ficheiros.

Se tiverem dúvidas não hesitem em vir falar comigo

Cristina Viegas

TP3 e TP4

Análise in silico do resultado expectável para a hibridação de Southern do gene pgmG

 

Para poderem confrontar os pesos moleculares das bandas que obtiveram na membrana podem tentar fazer o mapa de restrição da região genómica que contém o gene pgmG. Para isso sigam os passos que vos indico a seguir:

1. Obtenham a sequência nucleotídica do gene pgmG a partir deste link (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF167367.1?&feature=CDS#feature_6103618_CDS_0). A sequência do gene pgmG está representada a castanho.

2. Numa nova janela do browser da Internet abram a página referente ao genoma de S. elodea (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=sphingomonas+elodea)

3. Verão uma secção que diz Tools. Cliquem na opção BLAST Genome.

4. Importem para o ecrã do BLAST a sequência nucleotídica do gene pgmG. Notem que no BLAST devem ter seleccionada a opção Draft Genomes (por default fica em complete genomes). No alinhamento de nucleótidos que obtém cliquem em Graphics.

5. O resultado que obtém representa a região genómica onde está localizado o gene pgmG. O gene encontra-se localizado entre as posições 15,997 (STOP) 17,385 (START).

 6. Deverão fazer a análise do mapa de restrição de um fragmento contendo 15 kb antes e depois do gene pgmG. Para isso cliquem em Tools e depois em GoTo. Escolham as coordenadas que vos interessam. Para obterem a sequência dessa zona basta clicar em Tools, Download FASTA visible range.

 7. Usem a sequência que obtiveram no NEB Cutter para obter o mapa de restrição desta região genómica para as enzimas de restrição, ou combinação de enzimas, que vocês usaram. Deverão avaliar qual o tamanho do fragmento de restrição onde estamos à espera que apareça a nossa sonda do pgmG.

 

Estejam à vontade para me contactar caso tenham alguma dúvida.

Bom trabalho,

Sandra Cabo Verde

Attachments

• Notas_2015-2016_EG_lab.pdf
• TP2_TP3_análise do gel produtos PCR_fragmentos padrão_NZYDNA Ladder III.pdf
• T-COFFE.txt
• TYPING.pdf
• Membrana de hibridação Exemplo.pdf
• Membrana de hibridação Turno 4D.pdf
• Membrana de hibridação Turno 3B.pdf
• Membrana de hibridação Turno 2B.pdf
• Membrana de hibridação Turno 2D.pdf
• Membrana de hibridação Turno 3A.pdf
• Membrana de hibridação Turno 4C.pdf
• Membrana de hibridação Turno 2A.pdf
• Membrana de hibridação Turno 2C.pdf
• TP3 e TP4.pdf
• oligonucleotides_REs_Protection.pdf
• PT_version_Guia_EG_TP2_2014-2015.pdf
• Calendário aulas lab_MEBiom.pdf
• Calendário aulas lab_MEBiol.pdf
• Guia_A0_2015_MEBiom_Int Técnicas Microbiológicas.pdf
• Guia_A1_EGE_2015-2016.pdf
• Electroporation theory_BioRad manual_2013.pdf
• Fialho et al 2008 Occurrence, production, and applications.pdf
• Moreira et al 2004 The Gellan Gum Biosynthetic Genes gelC and.pdf
• Videira et al_2000_pgmG.pdf
• MONTEIRO et al_1992_electrotransformation.pdf
• FIALHO et al_1991_triparental conjugation.pdf