Planeamento

Aulas Teóricas

Apresentação

Apresentação da disciplina
Introdução à Bioinformática, acontecimentos históricos.

Bases de dados

Introdução às bases de dados de interesse biológico

Bases de dados

Introdução às bases de dados de interesse biológico

Introdução aos algoritmos

Revisão sobre algoritmos e estruturas de dados

Introdução aos algoritmos

Complexidade algoritmica. Tipos de algoritmos.

Alinhamento Simples

Alinhamento simples de sequências: funções de custo, matrizes de substituição e algoritmos de alinhamento.

Alinhamento simples

Heurísticas para alinhamento de sequências: BLAST e FASTA

Alinhamento múltiplo de sequências

Resolução do problema utilizando programação dinâmica. Funções de mérito. Ferramenta CLUSTALW.

Pesquisa de motivos

Definição do problema de pesquisa de motivos. Algoritmos exautivos. Definição do "Median String Problem".

Pesquisa de motivos

Algoritmos de pesquisa de palavras.

Inferência de motivos

Algoritmos "Branch-and-bound". Árvores de sufixos.

Modelos probabilísticos

Modelos de Markov e HMM para modelação de sequências complexas.
Problema das ilhas CpG. Algoritmo de Viterbi.

Modelos probabilísticos

Algoritmos Forward and Backward. Algoritmo Baum-Welch.

Modelos probabilísticos

Perfis HMM.

O mundo do RNA

O papel dos vários RNAs. A importência dos pequenos RNAs na regulação genática.

Estrutura secundária RNA

Algoritmos para previsão de estrutura secundária de RNA. Algoritmo de Nussinov.

Tecnologias de Microarray

Seminário sobre a constução física de microarrays.
Tecnologias actuais e novos desenvolvimentos.

Análise de dados e discretização

Normalização e análise de dados obtidos por técnicas de expressão global.

Técnicas de aprendizagem

Clustering e Biclustering.

Técnicas de aprendizagem

Árvores de decisão.

Técnicas de Aprendizagem

Árvores de decisão. Redes Neuronais.

Grafos e genética

Introdução à teoria dos grafos. Caminhos de Hamilton e caminhos de Euler.

Os grafos e a genética.

Grafos e genética

O problema da sequenciação. Sequenciação por hibridação.

O problema da reconstrução de uma sequência visto como o problema de encontrar um caminho de Hamilton.

O problema da reconstrução de uma sequência visto como o problema de encontrar um caminho de Euler.

Árvores evolutivas

Reconstrução de árvores evolutivas. Método de matriz de distâncias. Método UPGMA.

Árvores evolutivas

Algoritmos de reconstrução de árvores baseados em caracteres. Método da parsimonia.

Uso de marcadores moleculares

Utilização de marcadores moleculares (microsatélites, SNPs, etc).

Farmacogenética e farmacogenómica

Aula da responsabilidade do docente Pedro Fernandes.