Dissertação

{en_GB=Fitness Comparison in Human Cells: A Transcriptome Analysis Approach} {} CONFIRMED

{pt=As interacções competitivas entre células constituem a base de vários processos em organismos multicelulares, não só de desenvolvimento como também homeostáticos. Estes mecanismos têm um papel essencial no controlo de qualidade dos tecidos, influenciando os processos de regeneração, envelhecimento, desenvolvimento e, conforme o contexto, podem tomar ainda um papel supressor ou promotor sobre o cancro. Um mecanismo de comunicação entre células durante a competição foi proposto, sendo baseado em uma proteína transmembranar chamada Flower, cujas isoformas constituem o "Flower Code". Estas "Fitness Fingerprints" permitem que as células comparem entre si as suas diferenças relativas de aptitude. Células menos aptas expressam isoformas que comunicam um estado "lose" enquanto células mais aptas expressam isoformas "win", permitindo assim a comparação relativa de fitness e a eliminação de células subóptimas. Este processo foi inicialmente descrito em Drosophila, tendo já sido identificados alguns componentes chave deste fenómeno. Contudo, muito continua por explorar em termos de mecanismos moleculares. O homólogo humano de flower foi identificado recentemente e as suas isoformas foram descritas, tendo sido demonstrado que estas conseguem também induzir o mecanismo de competição. Porém, principalmente no modelo humano muito continua por caracterizar. Para desvendar estes mecanismos, uma estratégia de análise transcriptómica foi escolhida com o intuito de identificar novos genes relevantes relacionados com a competição celular em humanos dependente de "Fitness Fingerprints". Para no futuro possibilitar mais estudos sobre estes mecanismos, um ensaio de competição com células humanas dependente de Flower foi avançado., en=Competitive interactions are the basis of many developmental and homeostatic processes in multicellular organisms. This mechanisms are widespread in nature and play essential roles in tissue quality control thereby influencing regeneration, aging, development. In addition, cell competition can also have a tumour suppressing or a tumour promoting role, depending on the context. A mechanism of cell-to-cell communication during cell competition was proposed to be based on the display of "Fitness Fingerprints". These allow fitness comparison between neighbouring cells through a transmembrane protein named Flower. The different isoforms of this protein make up the Flower code. Cells of suboptimal fitness will express "lose" Fitness Fingerprints while fitter cells express "win" Fitness Fingerprints. The direct comparison of fitness among cells leads to the optimization of tissue fitness by inducing elimination of "losers". A few other key players of Flower-mediated cell competition have been described, mostly using Drosophila as a model organism. Recently the human homologues of Flower were identified and demonstrated to drive cell selection through competition. However, much of the signaling relevant to this process remains unexplored and uncharacterized, especially in humans. To unravel these mechanisms, a transcriptomics approach through RNA-sequencing was chosen to identify novel gene candidates relevant to Fitness Fingerprint based cell competition in humans. To promote the study of cell elimination through Fitness Fingerprints, an in vitro human competition assay was further developed.}
{pt=Competição celular, Fitness Fingerprints, Transcriptómica, RNA-seq, Expressão génica, en=Cell competition, Fitness Fingerprints, Transcriptomics, RNA-seq, Gene expression}

Novembro 30, 2017, 14:0

Orientação

ORIENTADOR

Eduardo Moreno Lampaya

Fundação Champalimaud

Doutor

ORIENTADOR

Maria Margarida Fonseca Rodrigues Diogo

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Auxiliar