Em termos de organização científica e pedagógica o DEM estrutura-se nas seguintes áreas científicas:

Área Científica de Ambiente e Energia Área Científica de Controlo, Automação e Informática Industrial Área Científica de Engenharia e Arquitectura Naval Área Científica de Mecânica Aplicada e Aeroespacial Área Científica de Mecânica Estrutural e Computacional Área Científica de Projecto Mecânico e Materiais em Engenharia Área Científica de Tecnologia Mecânica e Gestão Industrial Área Científica de Termofluidos e Tecnologias de Conversão de Energia