Provas de CAT

12 junho 2008, 11:16 - Helena Maria Lopes Romão

Título: "Efficient Algorithms for the Identification of miRNA Motifs in DNA Sequences"

Candidato: Nuno Miguel Dias Mendes

Orientadora: Professora Doutora Ana Teresa Correia de Freitas

16/06/2008 - 10:00h / sala "Estúdio de vídeo-conferência" do Instituto Superior Técnico, pavilhão de Engª Civil.

Resumo: The future advances in the study of biological systems are critically dependent on the identification of complex gene regulatory networks which are present in all living organisms. In order to undertake this task it is necessary to analyze and integrate information from three main sources: genomic sequence data; whole-genome expression measures obtained using microarrays and quantitative proteomics; and structural information (DNA, RNA and proteins). Using this information to infer network structures has clearly emerged as the only realistic way to address the challenge of identifying, mapping and documenting the complex architectures of regulatory networks.
From the computer science perspective this challenge concerns the development of efficient algorithms that allow the identification of regulatory regions and regulatory signals in DNA sequences that play a primary role in gene regulation.
Algorithms for identifying regulatory regions and motifs have proliferated since the first methods were developed in the late 80s in the field of Computational Biology and Bioinformatics. However, currently available methods have fallen short of being able to obtain a truly automatic and systematic signal identification approach. As a consequence we are still not able today to get a real clear understanding of the way the regulation process takes place. There are many difficult issues here, including the computational hardness of most variants of the problem. In order to identify biologically significant signals, new approaches have to be attempted.
Nowadays, motif finding algorithms are expected to have an increasing impact, with the recent discoveries of microRNAs (miRNA), short interference RNAs (siRNA) and other small non-coding RNAs (ncRNA). In fact, these small functional RNA motifs are known to have a regulatory role in the control of gene expression. Recent results report that the predicted miRNA targets are highly biased towards transcription factors and other regulatory genes. This ability is highly connected to the secondary structure of the molecule, which in turn depends on the presence of specific short conserved regions or motifs. Very recently, the prediction of functional RNA regions involved algorithms that scanned whole genomes for short conserved segments in order to unravel the putative regions that are able to bind to specific targets. These results show that the development of efficient methods to infer functional RNA motifs is crucial to understand gene regulatory networks in depth.

Seminário Seminal @IST-TAGUS

9 junho 2008, 14:37 - Helena Maria Lopes Romão

Quarta-sim-quarta-não, pelas 16h00, venha tomar café, e encontre seus vizinhos investigadores no Tagus. Um deles dará uma apresentação sobre um trabalho fundamental na sua área, lançando perspectivas, partilhando ideias, semeando conhecimentos. Uns levantarão dúvidas, alguns trarão sugestões, outros apenas ouvirão... Com tantas ideias no ar, quem sabe com que novos olhos verá o seu próprio trabalho?

Na próxima quarta-feira-feira, dia 11 de Junho, o seminário com o título " What is so special in the Tomasulo Hardware Algorithm?" será dado por Leonel Sousa.

Como de costume, o seminário terá lugar na sala 1.36 ("Sala de Formação") às 16h00. Para convívio ao sabor de café e pastéis de nata, apareça pelas 16h30. Mais informações em http://semi2.ist.utl.pt/.

Contamos consigo!

Montra de Jogos do IST - Tagus

3 junho 2008, 14:26 - Rui Filipe Fernandes Prada

Na próxima quarta-feira, dia 4 de Junho, vai realizar-se a primeira edição da Montra de Jogos do IST - Tagus no átrio do IST no Tagus, que mostra os jogos que os alunos desenvolveram na Área Aplicacional de Jogos e Simulação do IST - Tagus.

Provas de Mestrado

30 maio 2008, 12:15 - Helena Maria Lopes Romão

Título: "JANO: Serviço de Localização com Garantias de Privacidade"

Candidato: José Manuel de Campos Lage Garcia Simão

Orientador: Prof. Doutor Paulo Jorge Pires Ferreira

16/06/2008 - 14:30h / Anfiteatro PA-3 (Piso-1 do Pav. de Matemática) do IST

Resumo: Um Serviço de Localização deve ter em conta dois aspectos: tecnologias de localização e privacidade.
Estando disponíveis para partilhar a sua localização, os utilizadores do serviço quererão impor condições para que essa informação seja divulgada a terceiros. Tal pode ser conseguido com a especificação de políticas de segurança, as quais têm de ser verificadas aquando dos pedidos de localização (instantâneos ou notificações). Os aspectos relevantes a considerar dependem da organização onde o serviço for implementado. Em muitos casos os eventos passados (ex: antigos pedidos de localização, lugares visitados) são relevantes na definição das políticas.
Esta tese propõe um Serviço de Localização com o nome Jano. A arquitectura proposta suporta diferentes tecnologias de localização. As políticas de segurança são especificadas usando a plataforma Security Policy Language - SPL, onde é possível definir as entidades que constituem o sistema e descrever as políticas associadas a cada uma. Estas políticas podem ser especificadas usando uma combinação de modelos de segurança bem conhecidos, incluindo políticas baseadas em história.

Provas de CAT

29 maio 2008, 12:09 - Rui Filipe Fernandes Prada

Título: "Gestão de Politicas Activas em Redes de IP"

Candidato: Laércio Cruvinel Júnior

Orientadora: Profª. Doutora Teresa Maria Sá Ferreira Vazão Vasques

03/06/2008 - 10:00H / sala 1.38 (Taguspark )

Resumo: A qualidade de serviço para transmissões de áudio e vídeo sobre infra-estruturas de redes IP é tradicionalmente limitada pela natureza de melhor esforço destas arquitecturas de rede. Contudo, esforços têm sido e estão a ser realizados para que fluxos de tráfego escolhidos possam ter um comportamento óptimo, através do controlo e ajuste de um ou mais elementos envolvidos na transmissão, nomeadamente as características do próprio tráfego prioritário ou do hardware ou software de suporte. Este ajuste pode ser estático ou dinâmico, baseado em perfis ou adaptativo. Uma das contribuições desta tese é um framework de classificação dos mecanismos de adaptação da Qualidade de Serviço para transmissões multimédia sobre redes IP. A outra contribuição deste trabalho é uma arquitectura para adaptação global dos parâmetros QdS numa rede DiffServ, de modo a atingir dinamicamente a melhor escolha de valores em cada dada situação. Esta arquitectura é denominada Qualidade de Serviço Dinâmica.
Distribuída - DDQoS, e inclui modelos interoperantes para os encaminhadores nucleares e para os encaminhadores de fronteira da rede. No núcleo, o DDQoS-Core é um mecanismo de sinalização limitada em situações de degradação da qualidade de serviço.
Na fronteira da rede encontra-se o DDQoS-Edge, um modelo cognitivo com um algoritmo adaptativo para controlar e adaptar parâmetros QoS. Apenas a informação relevante para o processo de decisão é armazenada. Espera-se que este esquema adaptativo conduza a uma boa auto-adaptação da rede a padrões repetitivos de tráfego por meio de reavaliações das ações decisionais (políticas) consideradas. A arquitectura proposta atende às necessidades de adaptação na rede para a generalidade do tráfego multimédia, quando o desempenho deste tráfego é ameaçado pela presença de tráfego com requisitos de desempenho menos estritos.