Dissertação

{en_GB=Using proteomics to understand how parasites adapt to the host environment} {} EVALUATED

{pt=O Trypanosoma brucei é um parasita extracelular transmitido pela mosca tsé-tsé que causa a Tripanossomíase Humana Africana, também conhecida como doença do sono. No hospedeiro mamífero, o tecido adiposo foi recentemente descrito como sendo um reservatório principal de parasitas. Além disso, os parasitas que residem neste tecido são transcriptomicamente diferentes dos parasitas do sangue, o que sugere uma adaptação funcional do parasita ao tecido adiposo. Tendo em conta esta descoberta, o objetivo principal deste projeto foi a identificação das diferenças mais significativas entre estas duas formas de parasitas (presentes no tecido adiposo e no sangue) ao nível das proteínas. Para isso, o protocolo ótimo para isolar parasitas do hospedeiro e o método mais adequado para analisar dados de proteómica quantitativa label-free foram primeiro definidos. O MaxQuant é um programa grátis que permite o processamento de dados de proteómica de extremo-a-extremo, com grande precisão e confiança nos resultados obtidos. Assim, este programa foi usado para realizar a análise dos dados de proteómica dos parasitas no tecido adiposo e no sangue. A comparação do proteoma de parasitas do sangue e do tecido adiposo revelou que, tal como observado ao nível do RNA, o T. brucei adapta-se funcionalmente ao ambiente envolvente, ao ajustar a expressão de vários genes. Globalmente, durante este projeto, estabelecemos o método para analisar dados de proteómica no nosso laboratório e com ele encontraram-se diferenças significativas no proteoma do T. brucei quando no tecido adiposo e no sangue., en=Trypanosoma brucei is an extracellular parasite that is the causative agent of Human African Trypanosomiasis, also known as sleeping sickness, and which is transmitted by tsetse flies. Within the mammalian host, T. brucei was recently found to accumulate in the adipose tissue. T. brucei’s adipose tissue forms were shown to be transcriptionally distinct from the bloodstream forms, suggesting a functional adaptation of the parasite to the adipose tissue. In light of this discovery, this project’s main goal was to identify the most significant differences at the protein level between these two parasite forms. To achieve this goal, the optimal parasite isolation protocol and the most suited tool to perform label-free protein quantification data analysis were first defined. MaxQuant is a free software that provides an end-to-end solution to proteomics data processing, with high accuracy and reliability of the results. Thus, this software was chosen to perform proteomics raw data analysis and protein quantification. The comparison of the proteome data of parasites residing in the bloodstream and in the adipose tissue showed that, similarly to what we had observed at the RNA level, T. brucei functionally adapts to the tissue environment, by rewiring the gene expression of several genes. Overall, during this thesis, we established a proteomics data analysis workflow in our Lab and we showed significant differences in the proteome of T. brucei in the adipose tissue and in the bloodstream. }
{pt=Trypanosoma brucei, Proteómica quantitativa, Label-free, Tecido adiposo, Bioinformática, en=Trypanosoma brucei, Adipose tissue, Quantitative proteomics, Label-free, Bioinformatics}

Novembro 22, 2017, 15:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

ORIENTADOR

Luísa Miranda Figueiredo

Instituto de Medicina Molecular

Doutora

ORIENTADOR

Nuno Gonçalo Pereira Mira

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Auxiliar