Dissertação
{en_GB=Biological quantification of proteins in heterogeneous cell populations} {} EVALUATED
{pt=Diferentes combinações de expressão de caderinas resultam em diferentes prognósticos em certos casos de cancro. A expressão de ambas, E-caderina e P-caderina, aumentam a mobilidade e proliferação celular enquanto a expressão apenas da E-caderina é sinonimo de diminuição da mobilidade. Um fármaco, dasatinib, pode ser administrado para suprimir os efeitos da expressão de P-caderina e assim alterar o comportamento celular para o expectável quando apenas E-caderina é expressa. Este comportamento pode ser estudado pela expressão da molécula p-120, uma proteína responsável por estabilizar o complexo de adesão entre caderinas e cateninas. Heterogeneidade em populações celulares relativamente a tamanho e morfologia celular são factores que podem deturpar características celulares específicas. Neste projecto, um algoritmo unificado para ruído Gaussiano e de Poisson é proposto para lidar com a variabilidade celular. Este algoritmo é aplicado para estudar variações de expressão da proteína p-120 em diferentes culturas celulares. Analisar características, como a localização dos picos e os máximos de expressão, permitiu a caracterização da expressão da molácula p-120. Pode-se observar que esta diminui quando ambas E-caderina e P-caderina estão presentes comparativamente à existência unicamente de E-caderina. Quando a dasatinib é administrada, a expressão de p-120 aumenta recuperando o comportamento celular. Diferenças na compensação geométrica utilizando ruído Gaussiano ou Poisson são também analisadas para reiterar a natureza do ruído de Poisson em imagens de Imunofluorescência. Dada a irrelevância da morfologia celular para os padrões de expressão de proteínas, o algoritmo provou ser eficaz na compensação geométrica e cálculo de perfis representativos de cada população celular., en=Different combinations of cadherins expression can result in different patient prognosis on some specific cancers. Expression of both E-cadherin and P-cadherin can increase cell mobility and proliferation while the expression of only E-cadherin normally decreases mobility. A drug, dasatinib, can be administrated to suppress the effects of P-cadherin expression and therefore change the behaviour of cells to the one expected from E-cadherin only expression. This behaviour can be studied from the expression of the p-120 molecule, a protein responsible for stabilizing the cadherin-catenin adhesion complex. Heterogeneity in cell populations regarding cell size and shape variability is a factor that sometimes can misrepresent specific cell features like protein expression patterns. These factors are not relevant and therefore can be obliterated. In this project, a unified algorithm for Gaussian and Poisson noise is proposed to deal with cell populations’ variability. This algorithm is then used to study the variations on p-120 expression on different cell cultures. Analysing features, like peak localization and maximum expression, allowed to characterize the expression of p-120. The expression of this molecule diminishes when both E-cadherin and P-cadherin are expressed when compared to having only E-cadherin expressed. When dasatinib is administrated, the expression of p-120 increases restoring cell behaviour. Differences in geometric compensation on Gaussian and Poisson noise are further analysed to reiterate the nature of Poisson noise on Imunofluorescense (IF) images. Given the irrelevance of cell morphology on protein expression patterns, the algorithm has proven to be effective on geometric compensation and ideal cell representative profile calculation.}
outubro 16, 2015, 14:0
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