Dissertação

{en_GB=Computational analysis of isoform level regulation in T helper cells} {} CONFIRMED

{pt=Linfócitos T e B são os principais mediadores da imunidade adaptativa, responsável por uma resposta imunitária bastante eficiente contra agentes patogénicos. Os linfócitos B são responsáveis pela produção de anticorpos. Linfócitos T folliculares (células Tfh) têem um papel importante na produção de anticorpos através das interações com as células B no centro germinativo. Linfócitos T auxiliares (células Th) são outro tipo de Linfócitos T que atraem outras células imunitárias para o local de infecção e são classificados em Th1 ou Th2 de acordo com o tipo de resposta imunitária. Avanços na tecnologia de sequenciação de RNA permitiram a quantificação de transcriptos, enquanto que o aumento de poder computacional tornou possível uma análise dos transcritos diferencialmente usados (DTU) entre diferentes condições. Este tipo de análise permite a detecção de transcriptos diferencialmente expressos(DTE), mudança de isoformas e eventos de splicing alternativo. Nesta tese, foi realizada uma análise DTU de células Th e Tfh nos diferentes tipos de resposta imunitária. Foi observado que a presença de DTE e mudança de isoformas está igualmente distribuída e na mesma percentagem relativa em ambos os casos. 16\% dos genes que mostraram DTU foram também obtidos numa análise de genes diferencialmente expressos (DGE). Os transcritos obtidos estão envolvidos em mecanismos de regulação devido ao seu tipo de transcrito e diferenças na regiões não traduzidas (UTRs) dos transcriptos. Este trabalho permite concluir que existe um importante nível de regulação feito pela expressão diferencial de transcriptos que não é encontrada quando se analisa simplesmente a expressão génica., en=T and B lymphocytes are the main mediators of adaptive immunity, responsible for highly effective immune responses to pathogens using specific antibodies produced by B lymphocytes. T follicular helper lymphocytes (Tfh cells) play a major role in high affinity antibody production through its interaction with B cells in the germinal center. T helper lymphocytes (Th cells) are another subset of T lymphocytes that attract other immune cells to the site of infection and can further be classified into different subsets, Th1 and Th2, based on the elicited immune response. The advances of high-throughput RNA sequencing technology has allowed the accurate quantification of transcripts while the increase in computational power makes differential transcript usage (DTU) analysis between different conditions possible. This type of analysis enables the detection of differential transcript expression(DTE), isoform switch and alternative splicing events. In thesis, we have conducted a DTU analysis of Th and Tfh cells under different immune response types. We observe the presence of DTE and isoform switches is distributed equally and in the same relative percentage in both cases. 16\% of the genes that showed DTU were also found in a differential gene expression (DGE) analysis. The transcripts obtained in the analysis were found to be involved in regulation mechanisms due to their transcript type and differences in the unstraled regions (UTRs) of the transcript. This work allowed to conclude that there is an important level of regulation by differential transcript usage that would not be found in a simple differential gene expression analysis.}
{pt=células Tfh, células Th, Transcritos diferentemente usados, mudança de isoformas, splicing alternativo, en=Tfh cells, Th cells, differential transcript usage, isoform switch, alternative splicing}

Dezembro 2, 2019, 0:0

Orientação

ORIENTADOR

Susana de Almeida Mendes Vinga Martins

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Associado

ORIENTADOR

Luís Ricardo Simões da Silva Graça

Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes

Professor Associado