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Dissertação

{en_GB=Exploring the Efficiency of Bioinformatics Applications with CPUs, Integrated GPUs and Processing-in-Memory} {} EVALUATED

Detalhes: {pt=Aplicações de bioinformática na área de genómica utilizam quantidades altas de dados com informação genética de grupos de indivíduos. Estas aplicações são importantes para ajudar biólogos a identificar grupos de Polimorfismos de Nucleótido Único, cuja interação é responsável pela manifestação de doenças em pessoas, entre outros usos. Esta Tese irá explorar os algoritmos utilizados nesta classe de aplicações e adaptá-los para serem executados em plataformas com diferentes tecnologias de processamento, nomeadamente CPU, GPU Integrada e Processamento-em-Memória, de forma a avaliar profundamente as suas capacidades de providenciar a máxima performance e eficiência energética. O trabalho desenvolvido irá ajudar a encontrar os ganhos de performance e eficiência energética obtidos através da utilização de cada tecnologia de processamento, e providenciar conhecimento sobre o uso de tecnologias alternativas para aplicações com uso intensivo de memória na área de bioinformática., en=Bioinformatics applications on the area of genomics deal with large quantities of data on genetic information of groups of individuals. These applications are important to help biologists identify interacting groups of Single Nucleotide Polymorphisms responsible for diseases in humans, among other uses. This Thesis will explore the algorithms used in this class of applications and adapt them to run in platforms with different processing technologies, CPU, Integrated GPU and Processing-in-Memory, in order to deeply evaluate their capabilities to deliver the maximum performance and energy efficiency. The work developed will aim to find the performance and energy efficiency gains obtained by using each processing technology, and provide insight on the use of alternate technologies for memory-intensive applications in the field of bioinformatics.}
Keywords: {pt=Bioinformática, Processamento-em-Memória, GPU Integrada, Eficiência Energética, Performance, en=Bioinformatics, Processing-in-Memory, Integrated GPU, Energy Efficiency, Performance}

Discussão: novembro 27, 2019, 11:0