A investigação científica representa uma parte muito importante da atividade do DECivil, estando organizada em três centros de investigação (CERIS, CERENA e CITUA), orientados, respetivamente, para as questões da Engenharia Estrutural e de Construções, da Hidráulica e Recursos Hídricos e dos Sistemas Urbanos e Regionais, da Engenharia Geológica e Recursos Renováveis e Arquitetura. Estes centros mantêm um leque muito significativo de atividades em ligação com múltiplos parceiros internacionais, sendo genericamente reconhecidos pela qualidade das suas participações. A sua produção científica é formalmente avaliada por painéis internacionais, num processo conduzido pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia, tendo sido sistematicamente classificados aos melhores níveis nacionais dentro das respetivas especialidades.