Dissertação

Pseudo-Boolean Approaches to Comparative Genomics EVALUATED

A genomica comparativa é o estudo de relações funcionais e estruturais entre genomas. A comparação de genomas em termos de evolução genética teve como ponto de partida a comparação de genes comuns a dois genomas. Contudo, o aumento do número de genomas totalmente sequenciados abriu portas ao estudo de rearranjos genómicos, ou seja, à comparação de dois genomas em termos da evolução da ordem dos seus genes. Foram feitas várias abordagens a este tópico, ora simples de mais para serem aplicáveis a genomas complexos, ora demasiado complexas para serem resolvidas de forma eficiente. Recentemente procurou-se encontrar uma abordagem que pudesse lidar com genes duplicados. Deste desafio nasceram os modelos de emparelhamento: exemplar e máximo; e várias medidas de semelhança, tais como: o número de pontos de quebra, o número de intervalos comuns e a soma de adjacências interrompidas (SAD). A ideia consiste em estabelecer um emparelhamento, ou seja, uma correspondência entre genes homólogos, por forma a desambiguar os dados de genes duplicados e poder calcular uma medida de semelhança. O objectivo é encontrar o emparelhamento que melhor preserva a ordem dos genes em dois genomas, sendo a preservação de ordem avaliada por uma medida de semelhança. Esta dissertação apresenta formalismos claros para as abordagens feitas em rearranjos genómicos e estende o trabalho existente para a resolução dos problemas do número de intervalos comuns e do número de pontos de quebra usando Optimização Linear Inteira 0-1 ({0,1}-ILO). Por fim, propõe-se uma codificação nova usando {0,1}-ILO para resolver o problema SAD.
Genomica Comparativa, Medidas de Semelhança, Modelos de emparelhamento, Optimização Linear Inteira 0-1, Rearranjos Genómicos, Soma de Adjacências Interrompidas

Junho 22, 2009, 15:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

CO-ORIENTADOR

Maria Inês Camarate de Campos Lynce de Faria

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar

ORIENTADOR

Vasco Miguel Gomes Nunes Manquinho

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar