Dissertação

MetaGen-FRAME: Metagenomics Data Analysis Framework Focused on Stressed Microbial Communities EVALUATED

A área da metagenómica consiste no estudo de metagenomas, que são materiais genéticos não processados, encontrados nos mais variados ambientes e contendo a informação de diversos organismos individuais em conjuntos. As abordagens da metagenómica ao estudo de comunidades biológicas estão a mudar rapidamente a nossa compreensão das relações entre organismos e das suas funções em ecossistemas. Os avanços na área da metagenómica são, em grande parte, resultantes da acentuada evolução das plataformas de sequenciação (high throughput platforms) de ADN , exigindo, como consequência, avanços significativos nas técnicas de análise de dados. Com este trabalho, tencionou-se desenvolver e aplicar novas técnicas de análise de dados que possam ser usadas no processamento dos vastos volumes de dados gerados no contexto da metagenómica. Este documento apresenta uma proposta (e respetiva resolução) para lidar com os desafios inerentes ao armazenamento e manipulação deste género de dados, bem como a necessidade de desenvolver técnicas de análise de dados que possam ser aplicadas diretamente a este problema. Indo ao encontro deste propósito, este projeto foi desenvolvido com a intenção adicional de explorar os potenciais da computação paralela. Este projeto resultou na criação da MetaGen-FRAME, uma framework metagenómica capaz de gerir um leque heterogéneo de tipos de dados (de sequências de ADN a anotações genómicas, proteómicas e metabolómicas) através do uso de diferentes estruturas de dados e abordagens computacionais.
Metagenómica, Anotação, Taxonomia, Resequenciação, Mapeamento, Framework

Novembro 4, 2013, 10:30

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

CO-ORIENTADOR

Ana Teresa Correia de Freitas

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Associado

ORIENTADOR

Luís Manuel Silveira Russo

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar