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Dissertação

Functional characterization of transcriptional regulatory networks of yeast species EVALUATED

Detalhes: As redes regulatórias de transcrição são responsáveis pelo controlo da expressão genética. Estas são compostas por diversas interações entre fatores de transcrição e os seus genes-alvo. Sendo portadoras de uma natureza combinatória que engloba diversos processos regulatórios, estas são responsáveis pelas respostas dos organismos a perturbações que podem ocorrer no ambiente circundante. Nesta tese, exploramos várias possibilidades para o estudo de redes regulatórias de transcrição. A intenção é revelar quais as funções e/ou processos codificados nos padrões regulatórios que constituem as redes de transcrição de genes. Para isso, estudamos um conjunto de redes regulatórias de transcrição de espécies de levedura fortemente relacionadas entre si usando diferentes métodos, dividindo o fluxo de trabalho em duas fases. A primeira fase consiste na deteção de módulos seguida da sua caracterização funcional. Com isso, mostramos que as redes podem ser divididas em módulos funcionais representativos das funções biológicas das respetivas espécies. Na segunda fase, avançamos para uma análise entre espécies. Aqui, comparamos os elementos funcionais das diferentes espécies e estudamos as semelhanças entre eles. O objetivo desta análise é descobrir se existem elementos funcionais conservados entre os distintos organismos. No geral, esta dissertação fornece uma nova forma de analisar como a estrutura e a funcionalidade das redes regulatórias de diferentes espécies se podem relacionar. Além disso, exploramos como as semelhanças entre espécies podem ajudar a inferir algumas propriedades nas diferentes redes.
Keywords: Redes Complexas, Redes regulatórias de transcriçã, Redes Multicamada, Deteção de Comunidades, Módulos Funcionais.

Discussão: dezembro 3, 2021, 13:0