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Dissertação

A framework for large scale phylogenetic analysis EVALUATED

Detalhes: Na atualidade, trocas de pessoas e mercadorias entre diferentes países têm aumentado. Como consequência as epidemias tornaram-se uma preocupação maior, resultando na recolha de grandes quantidades de dados todos os dias. As análises que normalmente eram executadas em computadores pessoais já não são viáveis. Agora é comum executar essas análises em ambientes de computação de alto desempenho e/ou sistemas dedicados. Por outro lado, nessas análises lidamos frequentemente com gráficos, árvores e com execuções de algoritmos para encontrar padrões nestas estruturas. Embora existam base de dados orientadas a grafos e sistemas de processamento que podem ajudar neste tema, não conhecemos nenhuma solução baseada nestas tecnologias para lidar com os desafios da análise filogenética em larga escala. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma que explore estas tecnologias, nomeadamente o Neo4j. Nós abordamos este desafio com a proposta e o desenvolvimento de uma plataforma que permita a representação de grafos e árvores filogenéticas de maior dimensão, bem como dados auxiliares, que suporta consultar esses dados e que permita a execução de algoritmos, para inferir/detectar padrões e pré-computar visualizações, como plugins do Neo4j. Esta plataforma é inovadora e traz vantagens para a análise filogenética, como por exemplo, o armazenamento dos grafos, que evita ter que computá-los novamente, e o uso de redes multi camadas, que torna a comparação entre eles mais eficiente. A análise dos resultados experimentais mostra que a plataforma pode ser muito eficiente nas operações mais utilizadas e que os algoritmos suportados obedecem à sua complexidade de tempo.
Keywords: Filogenia, grafos, armazenamento, computação

Discussão: janeiro 22, 2021, 16:30