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Dissertação

In Silico design of novel peptides for treating cancer through inhibition of the RANK-TRAF6 interaction EVALUATED

Detalhes: A via metabólica RANK-TRAF6 está geralmente associada à osteoporose e ao desenvolvimento do cancro da mama e da próstata. Como tal, o papel de inibição do RANK-TRAF6 é altamente relevante. O objetivo desta tese, é a previsão da estrutura 3D destes péptidos, a sua seleção e a síntese de peptídeos que potencialmente inibem a interação RANK-TRAF6 As estruturas 3D das sequências baseadas nos peptídeos selecionados foram previstas utilizando três servidores, PEP-FOLD, PEPstrMOD e I-TASSER. Posteriormente, foi realizado um estudo de docking molecular para analisar e validar a sua estabilidade com TRAF6, utilizando o servidor online HADDOCK. Foram realizadas duas abordagens: i) os resíduos ativos escolhidos para os peptídeos são os que são experimentalmente descritos como importantes na interação com a TRAF6; ii) todos os resíduos pertencentes aos peptídeos foram considerados ativos. Em seguida, foi realizada uma análise aos complexos gerados através de um equilíbrio entre: HADDOCK score, percentagem de resíduos na interface e desvio médio quadrado da raiz (RMSD), permitindo selecionar o complexo mais estável de cada peptídeo. A síntese em fase sólida dos peptídeos foi realizada por agitação ultrassónica e a sua análise e purificação foi realizada por Cromatografia Líquida de Alto Desempenho em Fase Reversa (RP-HPLC), onde foi obtida uma pureza >95% para todos os péptidos. A presença dos mesmos foi confirmada por Espectrometria de Massa, utilizando o método de ionização por Electrospray (ESI-MS). Neste ponto, os peptídeos estão prontos para serem utilizados em estudos in vivo, e assim avaliar a sua eficiência na inibição da ligação RANK-TRAF6.
Keywords: TRAF6, Interação Proteína-Proteína, Química Computacional, Síntese de Péptidos em Fase Sólida, RP-HPLC

Discussão: novembro 19, 2021, 11:0