Dissertação

Exploring the Efficiency of Bioinformatics Applications with CPUs, Integrated GPUs and Processing-in-Memory EVALUATED

Aplicações de bioinformática na área de genómica utilizam quantidades altas de dados com informação genética de grupos de indivíduos. Estas aplicações são importantes para ajudar biólogos a identificar grupos de Polimorfismos de Nucleótido Único, cuja interação é responsável pela manifestação de doenças em pessoas, entre outros usos. Esta Tese irá explorar os algoritmos utilizados nesta classe de aplicações e adaptá-los para serem executados em plataformas com diferentes tecnologias de processamento, nomeadamente CPU, GPU Integrada e Processamento-em-Memória, de forma a avaliar profundamente as suas capacidades de providenciar a máxima performance e eficiência energética. O trabalho desenvolvido irá ajudar a encontrar os ganhos de performance e eficiência energética obtidos através da utilização de cada tecnologia de processamento, e providenciar conhecimento sobre o uso de tecnologias alternativas para aplicações com uso intensivo de memória na área de bioinformática.
Bioinformática, Processamento-em-Memória, GPU Integrada, Eficiência Energética, Performance

Novembro 27, 2019, 11:0

Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente

Orientação

ORIENTADOR

Leonel Augusto Pires Seabra de Sousa

Departamento de Engenharia Electrotécnica e de Computadores (DEEC)

Professor Catedrático

ORIENTADOR

Aleksandar Ilic

Departamento de Engenharia Electrotécnica e de Computadores (DEEC)

Professor Auxiliar