Dissertação

Single and Multi-Objective Epistasis Scoring: A Matter of Frequency EVALUATED

Os estudos de deteção de epistasia dedicam-se a encontrar interações entre Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) ligados à suscetibilidade e desenvolvimento de doenças complexas. Uma vez que os métodos search and score existentes para detetar combinações de SNPs significativas se concentram no algoritmo de pesquisa, a questão de como melhor avaliar a contribuição epistática dessas interações ainda carece de uma resposta satisfatória. Esta dissertação propõe uma nova metodologia para avaliar o desempenho de seis funções objetivo amplamente utilizadas na deteção de epistasia com base na distribuição de genótipos no conjunto de dados. Esta análise revela uma correlação entre melhor desempenho dos objetivos e valores extremos em tabelas de frequência. Neste sentido, foram isolados dois parâmetros, um baseado em genótipos com diferenças extremas entre a contagem de casos e controlos e uma forma simplificada de herdabilidade que considera o número total de observações e casos para cada genótipo. É definido um limite para estes parâmetros acima do qual, para os conjuntos de dados sintéticos analisados, a função objetivo identifica corretamente combinações de SNPs associadas. Abaixo desse limite, a combinação de duas e três funções numa abordagem multiobjectivo aumenta significativamente o desempenho. Esta abordagem baseada em tabelas de frequência é inovadora na literatura, dada a falta de um método que permita avaliar e comparar o desempenho de funções objetivo. Os parâmetros definidos podem ser calculados a partir de dados reais, contribuindo como um primeiro passo na validação de resultados de métodos de deteção de epistasia existentes.
Polimorfismo de Nucleotídeo Único, epistasia, tabela de frequências, função objetivo, optimização multi-objectivo, estudos caso-controlo

Setembro 30, 2020, 10:30

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

ORIENTADOR

Sergio Santander-Jiménez

Universidade da Extremadura

Professor Auxiliar

ORIENTADOR

Aleksandar Ilic

Departamento de Engenharia Electrotécnica e de Computadores (DEEC)

Professor Auxiliar