Disciplina Curricular
Genómica Funcional e Comparativa GFC
Mestrado Bolonha em Engenharia Biomédica - MEBiom 2021
Contextos
Grupo: MEBiom 2021 > 2º Ciclo > Área Principal > Área de Especialização > Engenharia de Tecidos e Medicina Regenerativa > Opções
Período:
Peso
6.0 (para cálculo da média)
Pré-requisitos
Os estudantes que frequentem esta UC deverão ter conhecimentos básicos de Biologia Molecular, Bioquímica e Genética. No caso de estudantes cuja licenciatura seja não relacionada com as Ciências da Vida, a frequência da UC de Introdução às Ciências Biológicas é recomendada.
Objectivos
A disciplina apresenta as abordagens experimentais e as ferramentas bioinformáticas mais recentes no campo da Genómica Funcional e Comparativa, bem como a sua aplicação ao estudo da biologia à escala do genoma, numa perspectiva integrativa. Enfatiza a utilização de recursos computacionais para a análise de dados à escala do genoma.
Programa
S1 Organização e estrutura de um genoma. Métodos e estratégias de sequenciação de genomas. Anotação de genomas. S2 Genómica Comparativa. S3 Metagenómica. S4 Análise da expressão genética à escala do genoma: transcritómica e Rnómica S5 Análise de expressão à escala do proteoma S6 Análise metabolómica e outras ómicas S7 Genómica funcional. Introdução à Biologia de Sistemas.
Metodologia de avaliação
A nota final a obter na disciplina resulta da ponderação das classificações obtidas nos dois elementos de avaliação: 1 – Exame - 50% da nota final - É exigida a nota mínima de 9,5 valores. 2 - Relatórios das aulas práticas - 50% da nota final - Serão efectuadas sessões de prática computacional no decorrer do semestre e serão avaliadas pela produção de 4 relatórios, efectuados pelos alunos em grupos de 3.
Componente de Competências Transversais
Esta UC promove as seguintes competências transversais, cuja avaliação pesará 10% da nota global: 1 - espírito crítico e estratégias de resolução de problemas: as aulas práticas e teóricas, bem com a avaliação por testes/exames são conduzidas por propôr problemas reais aos alunos, que têm que apresentar soluções, discutindo as suas vantagens e limitações. 2 - Competências interpessoais: as aulas computacionais são efectuadas em grupos de 3, requerendo o desenvolvimento de capacidade de liderança, trabalho de equipa e gestão de conflitos. Capacidade de comunicação oral e escrita é estimulada pela entrega de relatório e a sua apresentação oral. 3 - Competências intrapessoais: a entrega de relatórios no prazo promove autodisciplina e organização pessoal. 4 - Cidadania global: princípios de ética em ciência são discutidos; muitos dos problemas de biotecnologia propostos são considerados no contexto de crescimento económico e sustentabilidade ambiental global.
Componente Laboratorial
As aulas de prática laboratorial focar-se-ão na utilização de ferramentas bioinformáticas para: 1. Anotação e comparação de genomas 2. Análise de dados de metagenómica 3. Previsão de estrutura de proteínas 4. Previsão e anotação de sRNA 5. Análise quantitativa de geis bidimensionais 6. Interpretação do significado biológico de dados à escala do genoma 7. Análise de dados de metabolómica baseada em NMR 8. Modelação de redes metabólicas.
Componente de Programação e Computação
As aulas de laboratório serão exclusivamente computacionais. Uma parte da UC foca-se na utilização de aplicações computacionais pré-existentes. Especificamente, utilizar-se-ão as seguintes plataformas: 1. Anotação e comparação de genomas – CLC Genomics Workbench 2. Análise de dados de metagenómica - Elviz; Antismash 3. Previsão de estrutura de proteínas – VAST; EXPRESSO 4. Previsão e anotação de sRNA - RNAStructure; RNAPredator 5. Análise quantitativa de geis bidimensionais – SameSpots. 6. Interpretação do significado biológico de dados à escala do genoma – GoToolBox; Kegg Mapper; Yeastract; STRING 7. Análise de dados de metabolómica baseada em NMR - Metaboanalyst 8. Modelação de redes metabólicas – COPASI
Princípios Éticos
Todos os membros de um grupo são responsáveis pelo trabalho do grupo. Em qualquer avaliação, todo aluno deve divulgar honestamente qualquer ajuda recebida e fontes usadas. Numa avaliação oral, todo aluno deverá ser capaz de apresentar e responder a perguntas sobre toda a avaliação.