Dissertação

Alternative splicing analysis for finding novel molecular signatures in renal carcinomas EVALUATED

A análise de dados de next-generation sequencing em oncologia tem estado principalmente focada no genoma. O atual desconhecimento sobre modificações ao nível do ARN em cancro, particularmente alterações oncogénicas em splicing alternativo (SA), pode ser ultrapassado analisando dados de RNA sequencing (RNA-Seq). O mecanismo de SA é essencial na regulação da expressão génica, permitindo que um único gene dê origem a proteínas diferentes. A desregulação deste processo é patológica e há evidência de que a regulação de splicing participa em programas celulares alterados em oncogénese. Este projeto pretendeu definir potenciais assinaturas moleculares de valor prognóstico e terapêutico para o tipo mais comum de carcinoma das células renais (CCR). Assim, foram analisados dados de RNA-Seq de amostras normais e de tumor de tecido renal recolhidas pelo The Cancer Genome Atlas. A análise bioestatística realizada sugere que a quantificação de SA pode ser uma boa medida para distinguir os tipos de amostras. Além disso, há eventos de SA que parecem estar associados com a sobrevivência de pacientes oncológicos. Adicionalmente, uma perda de regulação de SA no CCR pode ser inferida a partir de uma classificação de eventos com base nas distribuições de dados de quantificação de SA. Este trabalho mostra que a análise da quantificação de SA pode ter um grande impacto na prática clínica, melhorando os cuidados de saúde em oncologia e promovendo medicina de precisão. Para além de aumentar a eficácia de diagnóstico e prognóstico, pode contribuir para uma melhoria das terapias genéticas atuais ou até conduzir a tratamentos inovadores.
Carcinoma das células renais, splicing alternativo, assinaturas moleculares, The Cancer Genome Atlas, bioestatística.

Novembro 16, 2015, 10:30

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

ORIENTADOR

Nuno Luís Barbosa Morais

Instituto de Medicina Molecular

Diretor de Unidade

ORIENTADOR

Susana de Almeida Mendes Vinga Martins

IDMEC - Instituto de Engenharia Mecânica, Instituto Superior Técnico

Doutora