Dissertação

Evaluating differential gene expression using RNA-sequencing data: a case study in host-pathogen interaction upon Listeria monocytogenes infection EVALUATED

Ao contrário do genoma, o transcriptoma é dinâmico e específico para uma dada fase de desenvolvimento e condição fisiológica da célula. O recente desenvolvimento de novos métodos de alto rendimento para a sequenciação do DNA levaram ao surgimento de uma nova metodologia para a sequenciação de RNA em resoluções sem precedentes. Este método é denominado RNA-Seq e tem vindo a emergir como a tecnologia preferida na caracterização e quantificação de transcritos celulares. Propomos uma pipeline que permite a comparação de duas amostras de RNA-Seq, extraindo os processos celulares que estão diferencialmente activos entre ambas as amostras. Subsequente a esta pipeline, propomos uma nova metodologia que inspecciona a activação de uma via celular num conjunto de leituras de RNA-Seq adquiridas ao longo de um curso temporal. Por fim, hipotetizamos uma nova abordagem para reforçar a inferência de genes diferencialmente expressos, utilizando dados publicamente disponíveis. A avaliação de um conjunto de dados de RNA-Seq, obtidos de células infectadas com Listeria monocytogenes, com as ferramentas desenvolvidas foi utilizado para comprovar o seu funcionamento. Avaliando os dados com a pipeline desenvolvida, foi concluído quais os processos celulares que estão diferencialmente activos entre as leituras de RNA-Seq adquiridas de células submetidas a diferentes condições de crescimento. Da mesma forma, confirmou-se que uma rede genética a descrever a resposta celular após infecção com Listeria monocytogenes modela bem os nossos dados. Finalmente os resultados demonstraram que o uso de dados de RNA-Seq públicos não melhora a confiança na inferência de genes diferencialmente expressos.
RNA-Sequencing, expressão genética, rede de genes, pipeline para a análise de RNA-Seq, validação de RNA-Seq, Listeria monocytogenes.

Dezembro 2, 2013, 14:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

CO-ORIENTADOR

Luís Pedro Coelho

Instituto de Medicina Molecular (IMM) & European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

Doutor

ORIENTADOR

Ana Teresa Correia de Freitas

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Associado