Dissertação

Predicting E-cadherin missense mutation pathogenicity through fluorescence microscopy EVALUATED

O cancro gástrico difuso hereditário (HDGC) é um sindroma autossómico e dominante, predominantemente assintomático e fatal. Está frequentemente associado a alterações no gene da E-caderina (CDH1), proteína que por sua vez é crucial para a adesão. Testes genéticos avaliando CDH1 são portanto propostos para uma detecção prematura de HDGC, mas no caso das mutações missense, patogenicidade não pode ser inferida directamente. Abordagens clínicas, in silico e in vitro têm sido usadas, mas sem o sucesso desejado. Neste projecto uma estratégia é aplicada para aferir o potencial da microscopia de fluorescência (FM) como preditora de patogenicidade da E-caderina e propensidade para HDGC. Com esse propósito, metodologias de aprendizagem automática foram aplicadas baseadas em descritores de concentração de E-caderina codificados espacialmente. Duas instâncias de validação independente distintas originaram níveis de precisão de 74% e 87% para a predição de patogenicidade. Descritores relacionados com a localização do pico de E-caderina, sua preponderância e máximo de expressão foram altamente informativos. Informação referente ao ciclo celular foi usada para refinar metodologias de aprendizagem automática e para clarificar a dinâmica e origem da patogenicidade de duas mutações juxtamembranares, para as quais correlação entre degradação e interrupção do ciclo celular foi detectada. Dado a versatilidade da FM em fornecer uma miríade de informação concernente à expressão, transporte, degradação e estabilisação membranar da E-caderina, esta prova ser uma abordagem valiosa para caracterização de mutações missense, quer para inclusão numa estratégica clínica multimodal para avaliação de propensidade para HDGC quer para o desenvolvimento de novas hipóteses para futura investigação.
Mutação Missense em E-caderina, Microscopia de Fluorescência, Correlação Genótipo-Fenótipo, Cancro Gástrico Difuso Hereditário, Avaliação de Patogenicidade, Aprendizagem Automática.

Novembro 22, 2013, 14:0

Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente

Orientação

CO-ORIENTADOR

Maria Raquel Campos Seruca

IPATIMUP - Institute of Molecular Pathology and Immunology of the University of Porto

Doutora

ORIENTADOR

João Miguel Raposo Sanches

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Auxiliar