Dissertação

Molecular distribution characterization with geometric invariant profiles in fluorescence microscopy EVALUATED

As propriedades estruturais e mecânicas dos tecidos dependem da ligação física entre células. Alterações na adesão entre células dota as células de um fenótipo invasivo e migrador, fazendo com que a E-caderina, molécula principal no mecanismo de adesão celular, desempenhe um papel importante como supressor de invasão. Mutações no gene da E-caderina (CDH1) levam a alterações na expressão e função da mesma que estão envolvidas em etapas chave de progressão tumoral. A E-caderina funcional é sintetizada no Golgi, transportada e estabilizada na membrana e continuamente reciclada. Quando são produzidas moléculas disfuncionais o tráfico de E-caderina pode ser afetado, mudando a posição celular das proteínas e consequentemente o padrão de expressão. Este trabalho propõe um método para caracterizar a distribuição de E-caderina nas células, especialmente ao longo da linha de junção celular, para uma posterior discriminação funcional. Para caracterizar o fenótipo da E-caderina, um processo de vários passos foi desenvolvido. Este processo combina: uma interface gráfica para seleção de núcleos, um passo de segmentação e detecção de centróide, extração de perfis radiais e internucleares e um algoritmo de compensação geométrica. Neste trabalho, os perfis são extraídos apartir dos centros geométricos dos núcleos. O algoritmo de compensação geométrica, tema essencial nesta tese, é desenvolvido para compensar nestes perfis diferenças biológicas na forma e tamanho das células não relacionados com o tráfico molecular. Adicionalmente, são propostas medidas quantitativas para caracterização da distribuição. O poder discriminativo destas características reconhecendo moléculas funcionais e disfuncionais é apresentado.
Processamento de imagens biológicas, Compensação Geométrica, Quantificação Biológica, Estimativa Bayesiana, Microscopia de fluorescência, E-caderina fenótipo

Julho 8, 2013, 14:30

Publicação

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Orientação

ORIENTADOR

João Miguel Raposo Sanches

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Auxiliar