Dissertação

A study on gene-disease relations in the context of neurodegenerative diseases EVALUATED

O objectivo deste trabalho é retirar informação contida em redes de interacção biológica relativa a um conjunto de doenças neurodegenerativas: Alzheimer, Parkinson e Esclerose Lateral Amiotrófica. Foram usadas abordagens locais e globais. Os genes contidos na OMIM relativos a cada doença foram recolhidos e a sua intersecção foi analisada, revelando-se ser inexistente. De entre diversas redes, a STRING combinada foi escolhida para efectuar este estudo. Após a comparação dos resultados de diferentes métodos quando aplicados a esta rede, um método apresentado aqui, o $k$-DenseLike, foi escolhido para dividir a rede. Esta divisão foi usada para descobrir conjuntos de genes, relevantes no contexto de cada doença, usando os termos ontológicos enriquecidos do conjunto e os genes da OMIM como referência. Estes conjuntos foram depois usados como sementes para aplicação de métodos locais. Os resultados da aplicação de métodos locais usando os genes associados a Parkinson, sem a partição da rede, são também apresentados, como meio de comparação. Os resultados obtidos revelam que os genes associados a cada uma destas doenças não se sobrepõem e estão bastante dispersos no interactoma, o que aponta para o envolvimento de vários processos na origem de cada doença ou para a presença de demasiados falsos-positivos nos genes-doença retirados da OMIM. Mostrou-se que a abordagem desenvolvida, dividindo a rede e produzindo rankings usando conjuntos seleccionados como sementes, levou à produção de prioritarisações relevantes, com enriquecimento nos termos ontológicos associados a cada doença nos genes de topo dos rankings produzidos.
Doenças Neurodegenerativas, Prioritarização de Genes Candidatos, k-DenseLike, STRING, OMIM

Dezembro 12, 2012, 11:0

Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente

Orientação

CO-ORIENTADOR

Alexandre Paulo Lourenço Francisco

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar

ORIENTADOR

Sara Alexandra Cordeiro Madeira

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar