Dissertação

Classification of clinical expression time series: A case study in patients with Multiple Sclerosis EVALUATED

O constante desenvolvimento visando uma medicina cada vez mais personalizada nos últimos anos conduziu ao aparecimento de análises temporais de expressão genética. Devido à consideração do aspecto temporal, este tipo de análises representa uma grande vantagem num melhor conhecimento da progressão e tratamento de doenças. Todavia, variados desafios acompanham este tipo de estudos, sendo o tamanho da amostra um dos mais relevantes. Esta limitação está patente em duas formas: no número de objectos (neste caso, pacientes) e no número de medições temporais. Neste trabalho, os dados usados são provenientes de múltiplas séries temporais de expressão genética, usadas para classificar a resposta de pacientes com esclerose múltipla ao tratamento com Interferão-Beta, ao qual aproximadamente metade dos pacientes apresenta uma resposta negativa. Assim, a obtenção de um modelo altamente predictivo da resposta destes pacientes permitiria certamente melhorias significativas na qualidade de vida, evitando terapias desnecessárias e muitas vezes acompanhadas de efeitos adversos, especialmente para o grupo de pacientes com resposta negativa. Neste contexto, são propostas algumas estratégias de classificação de séries temporais baseadas numa técnica de biclustering, sendo aplicadas à classificação da resposta ao tratamento com Interferão-Beta para esclerose múltipla, num conjunto de dados já analisado anteriormente. Embora os resultados não tenham ultrapassado as abordagens anteriormente descritas para este problema em particular, realça-se que algumas das estratégias desenvolvidas apresentam importantes potencialidades, encorajando-se uma análise mais extensiva, abordando outros dados de séries temporais de origem clínica, ou mesmo outros problemas de classificação em geral.
séries temporais, biclustering, bioinformática, esclerose múltipla, Interferão-Beta, data mining

Novembro 24, 2010, 14:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

CO-ORIENTADOR

João André Nogueira Custódio Carriço

Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa

Investigador Auxiliar

ORIENTADOR

Sara Alexandra Cordeiro Madeira

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar