Dissertação

A system for automated genome annotation EVALUATED

O Eucalyptus globulus é uma árvore utilizada na produção de pasta de papel. Com o objectivo de estudar os genes responsáveis pela formação de madeira do E. globulus, que ainda não são totalmente compreendidos mas sabe-se que tem um impacto na qualidade da pasta papel, surgiu o projecto GenEglobwq. Um dos objectivos deste projecto é a criação de um módulo de anotação de sequências de ADN. Neste sentido, o objectivo desta tese consistiu em estender o sistema de informação, GEDI, utilizado para gerir os dados do projecto GenEglobwq, a fim de fornecer uma ferramenta para a anotação automática de genomas. Para isso, foi criado um módulo de anotação no sistema GEDI, que faz uso de uma pipeline de anotação automática MAKER, que permite a anotação de qualquer tipo de organismo. Uma das possíveis formas de anotar um genoma é através do uso de marcadores, que permite identificar zonas específicas do genoma. Deste modo, foi também criado um módulo de marcadores para gerir este tipo de dados. De modo a testar o funcionamento do módulo de anotação automática, anotou-se os genomas dos cloroplastos do Eucalyptus globulus e Eucalyptus grandis. No entanto, como qualquer outra ferramenta de anotação automática, não foram anotados todos os genes, sendo posteriormente necessária uma curação manual dos resultados.
Genoma, Anotação, Biomarcadores, Cloroplasto, Eucalyptus globulus

Novembro 22, 2010, 9:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

CO-ORIENTADOR

João André Nogueira Custódio Carriço

Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa

Investigador Principal

ORIENTADOR

Ana Teresa Correia de Freitas

Departamento de Engenharia Electrotécnica e de Computadores (DEEC)

Professor Auxiliar