Dissertação

Visual analysis of regulatory networks EVALUATED

A quantidade de dados biológicos obtida através de tecnologias de alto débito cresce a um ritmo exponencial, o que conduz à identificação de redes de regulação de grande dimensão. Neste contexto, a análise e interpretação das relações nessas redes torna-se um problema de difícil resolução em biologia computacional. Embora existam já muitas ferramentas para analisar redes biológicas, estas apresentam limitações ao lidar com grandes quantidades de dados, particularmente no que diz respeito à sua análise visual. Neste contexto, o objectivo deste trabalho foi desenvolver uma ferramenta de visualização para redes biológicas que seja capaz de representar e analisar redes de regulação, tendo por base a capacidade de percepção e análise visual de um indivíduo. Nesta ferramenta, utiliza-se como caso de estudo a rede da YEASTRACT, uma base de dados de interações genéticas em Saccharomyces cerevisiae. Para além desta ferramenta, analisou-se ainda a estrutura da mesma rede utilizando várias técnicas de extração de informação de grafos baseados na procura de conjuntos ou "clusters", neste caso, comunidades de factores de transcrição que estejam fortemente ligadas entre si, mas esparsamente ligadas a outras comunidades. A procura destes grupos é muito importante em biologia molecular, na possibilidade de estes partilharem funções comuns na estrutura celular. Porém, deste estudo resultou que é impossível encontrar clusters bem definidos na rede de factores de transcrição devido à sua estrutura e complexidade. Contudo, verificou-se que é possível filtrar listas de factores de transcrição a partir das quais é possível obter melhores resultados ao analisar as suas funções celulares.
Análise Visual, Levedura, Ferramenta de Visualização, Teoria de Grafos, Redes Reguladoras, Comunidades em Redes

Novembro 24, 2010, 11:26

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

CO-ORIENTADOR

Alexandre Paulo Lourenço Francisco

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar

ORIENTADOR

Sara Alexandra Cordeiro Madeira

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Auxiliar