Dissertação

Computational Prediction and Analysis of CRISPR-Cas Systems in Chinese Human Gut Metagenomic Samples EVALUATED

CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) é um importante sistema de defesa adaptativo procariota que fornece resistência contra elementos invasores, como vírus e plasmídeos. Uma cassete CRISPR contém sequências curtas de nucleótidos chamadas espaçadores. Estas regiões únicas retêm uma história das interações entre procariotas e seus invasores. Um ecossistema importante no corpo humano é o intestino, um habitat rico, preenchido por uma grande diversidade de microrganismos. A metagenómica tem sido amplamente aplicada para estudar o microbioma intestinal, sendo a maioria dos esforços focados na criação de perfis taxonómicos, catálogos de genes, e identificar as suas associações com a saúde humana. Menos atenção tem sido dada à análise dos ecossistemas dos próprios microbiomas, especialmente a sua composição CRISPR. Neste trabalho, foi realizada uma análise do conteúdo CRISPR em amostras do intestino humano de indivíduos chineses diabéticos e não diabéticos. Aplicando dois algoritmos de identificação de CRISPRs disponíveis, PILER-CR e CRT, em conjunto com uma etapa de filtragem simples, identificámos 1.325 cassetes CRISPR confiáveis. Uma análise mais rica foi feita no conjunto de dados diabética,focando nas repetições, espaçadores e genes cas. O conjunto construído de 362 sequências não redundantes de repetições foi comparado com CRISPRs conhecidos na base de dados CRISPRdb. Um total de 271 repetições teve match, e as restantes 91 repetições são potencialmente novas. Repetições foram também submetidos a um agrupamento abrangente e classificação através da ferramenta web CRISPRmap. Apenas 37 dos 7.748 espaçadores não redundantes identificados foram acoplados com elementos de base de dados de fagos e plasmídeos.
CRISPR; Intestino humano; Metagenoma.

Novembro 19, 2015, 14:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

ORIENTADOR

Xuegong Zhang

Tsinghua University

Doutora

ORIENTADOR

Miguel Nobre Parreira Cacho Teixeira

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Auxiliar