Dissertação

The DEAD-box helicase Ded1, an mRNA cap associated protein in yeast EVALUATED

As RNA helicases parte da família das proteínas DEAD-box estão presentes em todos os organismos eucarióticos, em bactérias e até em alguns vírus. Esta família de proteínas mostrou-se capaz de abrir hélices de RNA, remodelar RNP e também de funcionar como chaperonas de RNA in vitro. Porém, a especificidade e a regulação enzimática in vivo são parcialmente desconhecidas. É uma proteína essencial na levedura e tem como sua homóloga funcional nos humanos a DDX3. Este homólogo está envolvido na replicação viral, oncogénese e também no desenvolvimento e regulação do ciclo celular. Este trabalho tenta perceber quais são os factores proteicos que interagem fisicamente com a Ded1. Factores de interesse como a proteína Npl3 e a Yra1, foram clonados na Escherichia coli através de um vector de expressão proteica, pET. Após a purificação, foi testada a interacção física através da coimunoprecipitação usando IgG anti-Ded1. Além disso, foi testada na Ded1 a actividade ATPase dependente de RNA e a influência de outros factores proteicos na sua actividade. Proteínas como Nab2 e Cbp20, previamente purificadas e disponíveis no laboratório são alguns exemplos. Alguns dos testes de actividade foram efectuados com dois mutantes da Ded1, o DQAD e DAAD. Estes, estão mutados na região chave desta família de proteínas. O papel dos mutantes para as experiências ATPase da Ded1 ajudaram a perceber o quão importante é a região para a ligação dos nucleótidos e também como é afectada a afinidade do RNA após a alteração de conformação resultante da ligação do nucleótido.
Dead-box, Ded1, Npl3, Yra1, helicase

Julho 28, 2015, 14:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

ORIENTADOR

Kyle Tanner

Laboratoire “Expression Génétique Microbienne”, CNRS - Institut de Biologie Physico-Chimique

Doutor

ORIENTADOR

Jorge Humberto Gomes Leitão

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Associado