Dissertação

Development of novel genotyping method of Mycobacterium tuberculosis strains based on discriminatory analysis of whole genomes alignment EVALUATED

A epidemiologia molecular tem desempenhado um papel fundamental na compreensão de questões-chave da epidemiologia da tuberculose (TB), contribuindo para o desenvolvimento de políticas de controle e ajudando na prevenção e na luta contra a TB. Este trabalho teve como objetivo desenvolver um novo método de genotipagem de estirpes de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) usando genes que contêm sequências polimórficas ricas em GC (PGRS), que têm sido sistematicamente ligados às propriedades antigénicas e virulência de Mtb. Para tal, alinharam-se as sequências de nucleótidos de trinta e dois genomas de estirpes diferentes de Mtb e estes foram rastreados para identificação de regiões discriminatórias. Tal, levou à obtenção de quinze novos pares de oligonucleótidos iniciadores, que permitem amplificar sobretudo os genes PE_PGRS e PPE. In silico, este novo método superou os atualmente mais usados. Para testar o novo método e simultaneamente detetar a ocorrência de um possível surto, foram analisadas 20 amostras de diferentes pacientes com TB, tendo o resultado obtido permitido diferenciar 16 das 20 amostras testadas. Um conjunto de 5 loci que apresentam um número variável de repetições em tandem (VNTR), juntamente com o método IS6110-Mtb2, foram analisados em simultâneo para aumentar o poder de diferenciação e para efeitos comparativos. O novo método de genotipagem provou ser útil na diferenciação de estirpes, no entanto, requer otimização e aplicação em investigações mais amplas. Adicionalmente, os mecanismos subjacentes às mutações nos genes PGRS requerem estudos mais aprofundados. Só assim, este novo método pode provar todo seu potencial.
Epidemiologia molecular, Mycobacterium tuberculosis, genotipagem, genes PGRS, propriedades antigénicas e virulência

Novembro 20, 2017, 14:0

Publicação

Obra sujeita a Direitos de Autor

Orientação

ORIENTADOR

Leonilde de Fátima Morais Moreira

Departamento de Bioengenharia (DBE)

Professor Auxiliar

ORIENTADOR

Roman Kotlowski

Politechnika Gdanska

Doutor