Dissertação

Identification of microRNAs and analysis of their expression in Eucalyptus globulus EVALUATED

Portugal é um dos maiores produtores de celuloses derivadas de Eucalyptus globulus, tornando-se uma espécie fundamental para o país. A selecção de genótipos adequados tornaria a exploração das áreas de cultivo mais eficiente. Um objectivo essencial é compreender os mecanismos de regulação que afectam as características da madeira. Nesta tese o foco é na identificação de microRNAs, usando como caso de estudo os processos de formação de madeira em Eucalyptus. MicroRNAs são moléculas endógenas que actuam silenciando RNAs mensageiros alvo. Embora aproximadamente 21.000 microRNAs tenham sido identificados para várias espécies, nenhum está documentado para o género Eucalyptus. Aqui, propõe-se uma pipeline que faz uso do Cravela, uma ferramenta de predição de miRNA baseada unicamente no genoma, e um novo algoritmo de análise de dados NGS que introduz uma nova função de pontuação para avaliar o perfil de expressão de candidatos. Esta abordagem produziu uma lista curta de candidatos, incluindo tanto sequências conservadas como não-conservadas. A validação experimental mostrou amplificação em 6 dos 8 candidatos não-conservados escolhidos entre os mais bem pontuados em relação ao perfil de expressão.
formação da madeira, microRNA, Eucalyptus globulus, dados de NGS, dados de RNA-Seq, pipeline de análise de dados de NGS

Junho 26, 2013, 11:0

Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente

Orientação

CO-ORIENTADOR

Jorge Almiro Pinto Paiva

FLOR - Centro de Florestas e Produtos Florestais, Instituto IICT

Doutor

ORIENTADOR

Ana Teresa Correia de Freitas

Departamento de Engenharia Informática (DEI)

Professor Associado