Dissertação

Update of the Yeast Transporter Information Database: Automatic assignment of genes to classes combining clustering and motif prediction tools Automatic assignment of genes to classes combining clustering and motif prediction tools EVALUATED

A melhoria das técnicas de sequenciação de genomas levou a um aumento exponencial da disponibilidade de sequências de ácidos nucleicos e proteínas, cuja anotação é essencial para extrair conclusões com significado biológico.Enquanto que a annotação manual é demorada e não pode ser aplicada em larga escala, os métodos automáticos têm tendência a propagar erros. Este trabalho descreve a primeira parte da extensão semi-automática de uma base de dados de proteínas transportadoras, mediante a qual quatro novas espécies de hemiascomicetes foram adicionadas às cinco já existentes. As proteínas foram classificadas em níveis hierárquicos de três e quatro dígitos de acordo com o sistema de Classificação de Transportadores. A atribuição de classes teve por base a distribuição das proteínas num clustering de referência que forma grupos por funcão biológica e contexto genómico. A base de dados, inicialmente com 2363 proteínas, permitiu a identificação de 2041 proteínas das novas species, quase duplicando o número de entradas. A atribuição putativa de uma classe de quatro dígitos foi possível para 83% das novas proteínas, enquanto que quase todas (99%) puderam ser associadas a uma classe de três dígitos. Nos casos em que não é possível atribuir uma classe é apresentada uma lista de classes possíveis. Outras proteínas membranares com possível função de transporte são identificadas pela presença de motivos típicos de segmentos transmembranares. A identificação e a classificação putativa destas proteínas, juntamente com a informação complementar gerada automaticamente, são extremamente úteis para facilitar e acelerar a parte manual, assegurando resultados fiáveis em tempo útil.
proteínas de transporte; proteínas membranares; classificação de proteínas de transporte; famílias de proteínas; leveduras; hemiascomicetes

Novembro 13, 2009, 10:0

Documentos da dissertação ainda não disponíveis publicamente

Orientação

CO-ORIENTADOR

Philippe Baret

Université catolique de Louvain

Especialista

ORIENTADOR

Isabel Maria De Sá Correia Leite de Almeida

Departamento de Engenharia Química e Biológica (DEQB)

Professor Catedrático