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Dissertação

RNA-seq Co-Expression Analysis Across Tissues and Ageing: Transcriptional Module Co-Expression Preservation Within Tissues and Age-Related Decline in Gene-Gene and GO term Relationships EVALUATED

Detalhes: Ainda não existe um apoio abrangente relativamente à preservação da co-expressão ao longo de tecidos nem relativamente ao declínio da co-expressão ao longo do envelhecimento quanto à desregulação transcripcional relacionada com a idade. Avaliou-se a preservação da co-expressão de módulos genéticos altamente correlacionados em tecidos específicos, inferindo a estabilidade da rede regulatória genética subjacente entre tecidos. Aplicou-se agrupamento hierárquico com correlação de Pearson em dados "RNA-seq" humanos. Os módulos interpretaram-se com análises de enriquecimento "GO". Alguns módulos conservaram co-expressão moderada a alta, estavelmente, em vários tecidos específicos, apoiando a expectativa de que redes de co-expressão genética não estão completamente reorganizadas entre tecidos, e portanto, muitos dados e estudos "tissue-specific" podem ser mais unificados. Adicionalmente, o declínio da co-expressão de genes e módulos foi avaliado ao longo do envelhecimento, derivando ainda uma espécie de "hub genes of ageing". A relevância das relações gene-gene para o envelhecimento foi inferida por "variable loadings" de "PCA", descrevendo a variância de co-expressão na direcção do envelhecimento. A soma das "loadings" por gene forneceu uma espécie de medida de "hubness of ageing". A soma das "loadings" interpretaram-se com "GSEA". Obteve-se uma pesada e consensual representação de termos GO do sistema imunitário, proteostase, ciclo celular, cadeia respiratória, queratina, e proliferação, locomoção e estrutura celular. Propõe-se que as correspondentes relações gene-gene devam ser relevantes para aprofundar a avaliação dos mecanismos subjacentes ao declínio dos respectivos sistemas durante o envelhecimento, na esperança de desenvolver estratégias de intervenção para atrasar ou prevenir fenótipos do envelhecimento, tais como a senescência imunitária.
Keywords: Envelhecimento, Regulação ao longo de tecidos, Co-expressão genética, Análise de dados de RNA-seq

Discussão: novembro 12, 2021, 15:0