Dissertação
Machine learning assisted identification of bioindicators in metagenomics: A study over transcription factor genes in a nitrate reducing microcosm EVALUATED
Fatores de transcrição são proteínas essenciais no controlo da expressão genética e um mapeamento e caracterização destas proteínas poderá ser essencial na descrição e controlo da regulação génica num microbioma. Analisar diretamente a abundância e presença de diferentes fatores de transcrição poderá ser uma ferramenta que ajude a melhor entender o impacto de fatores externos na expressão de fatores de transcrição. As montagens metagenómicas obtidas de amostras provenientes de uma experiência de sucessão com um microcosmo com degradação de benzeno e redução de nitrato foram analisadas com a nova ferramenta PredicTF, de forma a identificar os fatores de transcrição presentes nos metagenomas. Estes dados foram usados de forma a realizar uma análise de diversidade, que detetou alterações na abundância de diferentes famílias de fatores de transcrição, com 2 famílias sendo identificadas como possíveis bio-indicadores. Este trabalho demonstra que esta técnica tem o potencial de estudar o impacto de fatores externos em amostras biológicas, motivando estudo dos métodos utilizados num dataset maior.
setembro 6, 2021, 11:0
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