Apesar de a selecção das Unidades Curriculares Opcionais pelos alunos ser livre, a Coordenação do Mestrado em Engenharia do Ambiente recomenda as seguintes (para as UC sem informação no Fénix, detalhes aqui):

• Ambientes Extremos na Terra e no Espaço
  
• Avaliação Ambiental Estratégica
• Astrobiologia
  
• Biocombustíveis (1.º período)
  
• Combustíveis Sustentáveis
• Detecção Remota (1.º período)
• Drenagem Urbana e Controlo da Poluição
• Ecologia Industrial
• Economia Circular para Plásticos
  
• Ecotoxicologia e Avaliação de Risco
  
• Empreendedorismo, Inovação e Transferência de Tecnologia
• Energia e Sustentabilidade
• Energias Renováveis
• Exploração e produção de Geo-energia 
• Geostatística
• Gestão da Qualidade do Ar
• Gestão de Sistemas de Energia
• Gestão Integrada de Bacias Hidrográficas
• Grande História e Sustentabilidade
• Hidrogeologia
• Impactes Ambientais dos Espaços Construídos
  
• Materiais Adsorventes e Processos de Adsorção (2.º período)
• Modelação Hidrogeológica
• Planeamento Biofísico e Ordenamento do Território (2.º período)
• Poluição e Protecção de Águas Subterrâneas
• Projecto de Sistemas de Informação Geográfica
• Segurança e Higiene Industrial
• Seminários de Inovação e Desenvolvimento Sustentável
• Sistemas de Gestão Ambiental
• Soluções Baseadas na Natureza no Ciclo Urbano da Água
• Técnicas e Metodologias de Amostragem em Ambientes Extremos
  
• Tecnologias Verdes e Estratégias de Decisão (2.º período)
• Tópicos em Baterias
  
• Tópicos em Economia Circular
  
• Valorização Energética de Resíduos