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Dissertação

Integration of Genomics and Transcriptomics: Analysis of Streptococcus pneumoniae wild-type and DeltaccpA Strains EVALUATED

Detalhes: Em muitos bactérias Gram-positivas, regulador da transcrição da proteína de controlo catabólica A tem um efeito global de regulação em resposta à disponibilidade hidrato de carbono, encontrando-se no núcleo de mecanismos de controlo catabólica. Num estudo anterior, todo-genoma análise microarray comparando o Streptococcus pneumoniae humano patógeno D39 com a sua isogénica CCPA mutante, cultivadas em meio quimicamente definido contendo duas diferentes fontes de carbono, glicose e galactose, foi obtido em meados de exponencial e de transição para fases estacionária de crescimento. Neste trabalho, recorreu-se a esta análise prévia para realizar análise de expressão in silico, clustering biclustering, funcional e diferencial dos dados, a fim de diminuir análise do genoma para estudar processos específicos de celulares. Os nossos dados confirmaram que CCPA regula a expressão de genes envolvidos em muitos processos celulares, tal como determinado através da comparação de genes associados ontologia processos biológicos e os aglomerados de grupos ortólogos (CPV) de bancos de dados de proteínas. Metabolismo de carboidratos e transporte foram as funções mais afetadas e, consequentemente, os mecanismos de defesa baseada na disponibilidade de carboidratos. A fim de predizer catabólica responsivos elemento sítios em S. pneumoniae D39, uma análise de inferência probabilística motivo foi realizada usando as sequências de consenso conhecidos Cre de outras bactérias Gram-positivas, Bacillus subtilis, Bacillus megaterium e Lactobacillus lactis. Notavelmente, esta análise revelou a presença de 211 alvos putativas de CCPA. Estes motivos, sobre-representados na genes expressos diferencialmente, foram analisadas em termos de distribuição das suas posições relativas da região promotora.
Keywords: Análise comparativa transcriptomic, Biclustering, Repressão catabólica, Inferência motif, Sistemas de patógenos, A análise funcional

Discussão: julho 13, 2012, 15:0

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