O ensino em Engenharia do Ambiente do IST tem três grandes objectivos:
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Fornecer aos alunos conhecimentos fundamentais relativos ao funcionamento e gestão de sistemas naturais, sociais e territoriais que permitam ao Engenheiro do Ambiente abordar as questões ambientais do ponto de vista tecnológico e/ou do ponto de vista da gestão de sistemas ambientais e dos recursos naturais;
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Fornecer aos alunos conhecimento em tecnologias de ponta;
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Fornecer aos alunos formação de base sólida que lhes permita acompanhar a evolução dessas tecnologias.
O Doutoramento em Engenharia do Ambiente (3.º ciclo) completa a formação oferecida pelo IST, ilustrando os temas das teses as principais áreas de desenvolvimento tecnológico e científico. A generalidade destas teses é levada a cabo em unidades de investigação do IST, no âmbito de projectos de investigação que cobrem áreas de desenvolvimento fundamental e áreas de aplicação, onde a colaboração com as empresas e a sociedade desempenham um papel fundamental.