Disciplina Curricular
Genómica, Proteómica e Bioinformática GPB
Diploma de Estudos Avançados em Estatística e Processos Estocásticos - DEAEPE2006
Contextos
Grupo: DEAEPE2006 > 3º Ciclo > Unidades Curriculares de Outros Deas
Período:
Peso
6.0 (para cálculo da média)
Objectivos
A disciplina apresenta as abordagens experimentais e as ferramentas bioinformáticas mais recentes no campo da Genómica Funcional e Bioinformática, bem como a sua aplicação ao estudo da biologia à escala do genoma, numa perspectiva integrativa. Enfatiza o desenvolvimento e a utilização de recursos computacionais para a análise de dados genómicos.
Programa
Tópicos: 1. Organização e estrutura de um genoma. Métodos e estratégias de sequenciação de genomas. Anotação de genomas. Metagenómica. 2. Genómica comparativa. Genes ortólogos e parálogos. Conceito de sintenia. 3. Análise da expressão genética à escala do genoma: transcritómica e proteómica de expressão. Metodologias experimentais para o estudo da regulação da expressão genética e genómica. 4. Genómica funcional. Quimiogenómica, metabolómica, metagenómica, RNómica e outras ómicas. 5. Introdução à Biologia de sistemas. 6. Aplicações na investigação em Biologia, Biotecnologia e Biomedicina. 7. Introdução à Bioinformática. Algoritmos para alinhamento de sequências: modelos de mérito, alinhamentos simples e múltiplos; algoritmos de pesquisa de motivos: representação de motivos e sistemas de pesquisa disponíveis na web As aulas de prática laboratorial focar-se-ão na utilização de ferramentas bioinformáticas para: 1. Anotação e comparação de genomas 2. Previsão de estrutura de proteínas 3. Análise filogenética com base em mapas de sintenia 4. Análise quantitativa de geis bidimensionais 5. Interpretação do significado biológico de dados à escala do genoma 6. Análise de dados de metabolómica baseada em NMR 7. Modelação de redes metabólicas 8. Alinhamento de sequências e extracção de motivos
Metodologia de avaliação
A metodologia de ensino inclui aulas teóricas e teórico-práticas. A nota final a obter na disciplina resulta da ponderação das classificações obtidas nos dois elementos de avaliação: 1 – Desenvolvimento de um mini-projecto de investigação na área, avaliado pela produção de um relatório, seguida de apresentação e discussão do trabalho desenvolvido-50% 2 -Trabalhos de prática do uso de ferramentas de bioinformática - 50% - Serão efectuadas sessões de prática do uso de ferramentas de bioinformática no decorrer do semestre. A avaliação basear-se-á em 5 relatórios, a entregar pelos alunos em grupos de 3. A presença nestas aulas é obrigatória.